Пётр Канизий и другие иезуиты с 1552 г. регулярно совершали пастырские поездки по Австрии, посещали отдалённые сельские приходы, читали там проповеди, пытались бороться с распространёнными суевериями и протестантской «ересью», совершали мессы, посещали больных. Деятельность Петра Канизия в Вене и его личные качества способствовали благосклонному отношению к нему Фердинанда I; с мая 1553 г. Пётр Канизий исполнял обязанности придворного проповедника. После смерти в 1553 г. Венского епископа Кристофа Вертвайна некоторые представители венского духовенства пожелали видеть Петра Канизия преемником и рекомендовали его кандидатуру. Пётр Канизий решительно отказался от предложенной ему епископской кафедры и обратился к главе Ордена с просьбой воспрепятствовать утверждению его кандидатуры в Риме. Папа Римский Юлий III не стал утверждать Петра Канизия епископом, однако специальным письмом от 3 ноября 1554 г. назначил его на год администратором Венской кафедры. О каких-либо активных административных действиях Петра Канизия в период управления епископством исследователям не известно. Хотя иезуитам было дозволено преподавать на факультете теологии в Венском университете, и им удалось постепенно организовать учебный процесс, отношение к ним других университетских преподавателей было настороженным и неприязненным, что во многом объяснялось влиянием протестантизма. Протестантские настроения в университете ещё больше усилились после успешных военных действий протестантских князей в 1553 г. Обеспокоенный этим Фердинанд I в начале 1554 г. выпустил указ, в котором утверждался новый устав университета. По мнению исследователей, Пётр Канизий и другие иезуиты принимали непосредственное участие в разработке этого устава, однако точно определить, в чём состоял их вклад, на основании сохранившихся документов исследователи не смогли. Эрцгерцог приказал также провести проверку всех преподавателей университета на предмет их вероисповедания. Пётр Канизий, будучи в 1553/1554 учебном году деканом теологического факультета, должен был принимать участие в следственных процессах, в ходе которых пытался убедить приверженцев протестантизма в ошибочности их религиозных взглядов. Эти процессы в Австрии не имели тяжких последствий и обычно завершались увольнением со службы тех, кто отказывались отвергнуть протестантизм, в худшем случае – изгнанием их из Австрии. Пётр Канизий писал о невозможности победить протестантское влияние в университете. Распространению протестантизма в Вене весьма способствовали проповеди лютеранина Иоганна Фаузера, которого сын Фердинанда I, Максимилиан II (император Священной Римской империи в 1564–1576 гг.), открыто симпатизировавший протестантизму, в 1554 г. пригласил в Вену и сделал придворным проповедником. Иоганн Фаузер регулярно проповедовал в венских храмах при большом стечении народа. Не ссылаясь прямо на Мартина Лютера и других реформатов, он толковал Евангелие в лютеранском духе (в том числе излагая протестантское учение об оправдании одной верой) и подвергал сомнению традиционные католические верования и обряды (например, посты, монашество, почитание святых, поминовение усопших и т.п.). Пётр Канизий пытался воспрепятствовать его деятельности как путём личных бесед, так и организовав публичный диспут с ним, однако результатом этого стало лишь усиление неприязненного отношения к нему Максимилиана II, который открыто насмехался над верностью Петра Канизия Папскому престолу (например, над его попытками оправдать практику папских индульгенций) и чинил препятствия деятельности иезуитов в Вене.