Альфонсо Альварес сообщил Петру Канизию об основании Игнатием Лойолой (1491–1556 гг.) Общества Иисуса (Societas Jesu; см. Иезуиты) и утверждении Ордена в 1540 г. папой Павлом III (1534–1549 гг.), а также познакомил Петра Канизия с основными духовно-аскетическими принципами иезуитов. Узнав, что один из основателей Ордена, Пьер Фавр (1506–1546 гг.), путешествует по германским землям, Пётр Канизий решил послушать его проповедь и познакомиться с ним. В начале апреля 1543 г. он отправился в Майнц, где Пьер Фавр в то время читал в университете лекции по Псалтири по поручению кардинала Альбрехта Бранденбургского, одного из ведущих деятелей Контрреформации. Из письма Петра Канизия исследователям известно, что он был радушно принят Пьером Фавром, поселился рядом с ним в доме местного пресвитера и регулярно встречался для духовных бесед. Вскоре Пётр Канизий решил присоединиться к Ордену иезуитов и под руководством Пьера Фавра прошёл полный 30-дневный курс так называемых духовных упражнений (специально разработанных Игнатием Лойолой медитаций). 8 мая 1543 г. Пётр Канизий был принят Пьером Фавром в число послушников Ордена и принёс «первые», или «простые», обеты: добровольной бедности и послушания руководству Ордена в целом и Пьеру Фавру в частности как своему духовному наставнику (третий обет, целомудрия, уже был принесён им раньше). Вопреки встречающемуся в литературе мнению, принесение этих обетов ещё не означало окончательного принятия Петра Канизия в Орден; об этом, в частности, свидетельствует особый пункт в обетах: Пётр Канизий обещал в случае отказа в приёме в Орден иезуитов вступить в какой-либо другой монашеский Орден по усмотрению руководства иезуитов. Вскоре Пётр Канизий вернулся в Кёльн и продолжил занятия теологией. Одновременно искал среди студентов и преподавателей университета тех, кому были близки духовные принципы иезуитов, намереваясь по поручению Пьера Фавра создать в Кёльне постоянную иезуитскую общину. К концу 1543 г. ему удалось собрать вокруг себя около девяти человек, желавших стать иезуитами. После смерти отца в декабре 1543 г. Пётр Канизий решил использовать унаследованное им состояние для того, чтобы арендовать в Кёльне отдельный дом, где он и другие члены кёльнской общины иезуитов, возглавляемой Пьером Фавром, могли бы вести монашескую жизнь. В январе 1544 г. Пьер Фавр приехал в Кёльн с двумя учениками; до своего отъезда в июле того же года он жил в организованном Петром Канизием общинном доме, который стал важным центром религиозной жизни Кёльна. Препятствием для деятельности иезуитов в Кёльне было негативное отношение к новому Ордену католического Кёльнского архиепископа Германа фон Вида (1477–1552 гг.), который к начале 1540 гг. стал сторонником Реформации. Он поддерживал переписку и лично встречался с Мартином Буцером (1491–1551 гг.) и Филиппом Меланхтоном (1497–1560 гг.), при участии которых стремился реформировать в протестантском духе церковную жизнь в архиепископстве. Желая воспрепятствовать деятельности иезуитов, архиепископ убедил городской совет ликвидировать организованный Петром Канизием общинный дом; иезуитам было разрешено присоединиться к картузианцам, которые приняли их в своём монастыре и оказывали им покровительство.