Больше всего претензий в адрес Кирилла Ставровецкого связано с «превратным» цитированием им Священного Писания (пропуски слов, вставки, изменения грамматических форм), что приводит к извращению смысла. Кроме того, Кирилл Ставровецкий, по мнению оппонентов, толкует отдельные притчи и библейские фрагменты «противно богословцем». Если в «Свитке...» в таких случаях следует развёрнутая аргументация, то «Прения...» обычно ограничиваются замечанием: «Евангелие всё испортил и обменил по своему разуму». Обе рецензии уделяют много внимания неверному, как считают оппоненты, изложению Кириллом Ставровецким апокалиптических сюжетов и сути посмертного воздаяния (в последней теме исследователи видят признание Кириллом Ставровецким существования чистилища). Рецензенты отметили неправославный подход Кирилла Ставровецкого к демонологии, в частности, представления о дьяволе как о «биче Божьем», о служении дьявола Богу, о наказании людей только демонами, а не как о Божием попущении и др. Кириллу Ставровецкому ставили в вину натурализм при описании ада, дьявола и бесов. Авторы разборов обвиняют Кирилла Ставровецкого в симпатии к католикам, которых он в своём сочинении часто упоминает наряду с православными («нас с римляны, греков и русь купно, сочетовает»), критикуют превознесение Петра над другими апостолами. В «Прении...» есть упоминание о том, что Кирилл Ставровецкий принимает Filioque. Критики Кирилла Ставровецкого отмечают использование им католических апокрифов («То взято от латинских книг, а не греческих богословец»). Автора «Евангелия учительного» также обвиняли в симпатии к иудаизму. Многие обвинения были голословными, связанными с плохим пониманием рецензентами «простой мовы», на которой написано «Евангелие учительное». Как и «Зерцало богословия», «Евангелие учительное» переиздавалось униатами. В 1696 г. при поддержке Львовского епископа Иосифа (Шумлянского) в типографии Уневского монастыря вышло второе издание «Евангелия учительного»; предисловие к нему написал архимандрит Уневского монастыря Варлаам (Шептицкий), в 1681 г. тайно принявший унию. Архимандрит Варлаам умолчал об осуждении и о запрете книги в Киеве и Москве; из сочинения были изъяты предисловие и посвящения, где Кирилл Ставровецкий говорил о гонениях на себя вследствие обвинений в неправославности. В 1697 г. митрополит Киевский и Галицкий Варлаам (Ясинский) отправил письмо патриарху Адриану, в котором просил запретить это издание Уневского монастыря, указывая, что книгу Кирилла Ставровецкого архимандрит Варлаам (Шептицкий), «сам сущ в подозрении униатском», издал без благословения архиереев. 27 марта 1697 г. Московский патриарх Адриан просил киевского воеводу, чтобы в Киеве не продавали «Евангелие учительное», т.к. «книга во многих местах неправа, и Церкви нашей противна, и в прежние лета в Киеве от бывшаго тогда митрополита Киевского Петра Могилы во всех градех та книга купить заповедана, что она от схизматика сделалась, и в сочинении грамматическом велми нечинна и худа». В 1697 г. в Могилёве в типографии Максима Ярмолинича Вощанки, принадлежавшей православному Богоявленскому братству, вышло третье издание «Евангелия учительного», на большей части экземпляров в качестве даты издания был указан 1619 г.