Исследователи полагают, что под влиянием решений Киевского собора в Москве провели собственное исследование «Евангелия учительного». Разбирать сочинения было поручено игумену переславль-залесского во имя великомученика Никиты мужского монастыря Афанасию (Китайчичу), до 1626 г. состоявшему в братии Киево-Печерского монастыря. 1 октября 1627 г. Афанасий (Китайчич) сообщил патриарху, что этой книги «всякому верному христианину и в доме держати, и чести недостоит», т.к. она уже осуждена в Киеве Собором архипастырей за содержащиеся в ней ереси. Тогда царь и патриарх велели рассмотреть книгу игумену московского в честь Богоявления монастыря Илии и соборному ключарю священнику Иоанну Наседке. Критические замечания рецензентов изложены в «Прениях с “Евангелием учительным” Кирилла Транквиллиона-Ставровецкого». Александр Петрович Голубцов считал авторами «Прений...» игумена Илию и священника Иоанна Наседку; Татьяна Анатольевна Опарина приписывает сочинение игумену Афанасию (Китайчичу); исследователи не исключают участие в написании «Прений...» всех трёх книжников. При подготовке «Прений...» использовались недошедшие «Тетради» Киевского собора 1625 г., осудившего Кирилла Ставровецкого, которые имел в своём распоряжении игумен Афанасий (Китайчич). По мнению исследователей, позже (по мнению Т.А. Опариной, между 1649 и 1665 гг.) под редакцией игумена Сергия (возможно, справщика Московского Печатного двора) был составлен новый критический отзыв на «Евангелие учительное» – «Свиток укоризнен Кириллу Транквиллиону-Ставровецкому». 1 декабря 1627 г. царь и патриарх издали окружную грамоту, в которой, объявляя, что в этой книге «сыскались многия ереси и супротивства древним учительным Евангелиям и иным святых отец Божественным книгам», указывали: «На Москве и во всех городах “Евангелия учительные” и иные книги его Кириллова слогу собрати и на пожарах сжечь, чтоб и ересь и смута в мире не была» («Акты Московского государства». СПб., 1890 г., том 1). 4 декабря того же года в Москве на Красной площади сожгли 60 экз. книги. Сохранились документы об изъятии и о сожжении «Евангелия учительного» в 1627–1630 гг. в Нижнем Новгороде, Путивле, Верхотурье, Тобольске, Рыльске. Меры властей не уменьшили популярности «Евангелия учительного», и после осуждения книга находила в России горячих сторонников. Согласно жалобе Вологодского епископа Маркелла, в 1628 г. в Вологде её «похвалял чернец Андреян, да ученик его чернец Иаков, и распопа Ивашко Синицын, да подьячий Агейка Семенов». Они называли сочинение Кирилла Ставровецкого святым и душеполезным, утверждая, что экземпляры книги «сожжены не по делу». Было проведено расследование; всех виновных в 1629 г. разослали по отдалённым монастырям Сибири. В связи с «вологодским делом» вновь провели разбор «Евангелия учительного» и обнаружили в книге новые ереси. По мнению исследователей, с учётом второго разбора книги Кирилла Ставровецкого впоследствии был составлен «Свиток укоризнен». Авторы «Прений...» и «Свитка...» ставили в вину Кириллу Ставровецкому как еретические взгляды, так и фактические неточности. Оба разбора представляют собой лишённую глубокого анализа констатацию замеченных неточностей и погрешностей. Обвинения, изложенные в рецензиях, во многом совпадают. «Прения...» охватывают всё сочинение. Замечания «Свитка...», доведённые до 75-го листа сочинения Кирилла Ставровецкого, носят более аргументированный характер; в подтверждение своей позиции авторы приводят выдержки из богословских трудов. Замечания поданы как выписки из текста с критическими комментариями.