В 1846–1847 гг. храм был перестроен. Верхний этаж с трапезной снесён и построен заново над бывшими подвальными помещениями. Храм венчали две главы, в середине на барабане и над алтарём. Во второй половине XIX в. с северной стороны была устроена ризница. На средства прихожан позолотили иконостас, выложили чугунный узорчатый пол, купол и стены украсили росписями. Под полом и под папертью, где обычно сидели нищие, устроены духовые печи. Каменная церковь во имя Всемилостивого Спаса (1656 г.) возведена на средства боярина Ивана Андреевича Милославского у алтаря Благовещенского собора, «над родителями своими и по своей душе в вечный поминок». Являлась фамильной церковью-усыпальницей. Спасский храм представляет собой оригинальный тип шатровой церкви, «иже под колоколы». Простой и чёткий четверик поставлен на подклети и вместо традиционных глав завершён шатровой колокольней. Верх четверика, перекрытый позднее железной кровлей, сначала был плоским, покрыт плитами и ограждён белокаменным параклитом – крытой галереей. По углам западной части храма возвышались две башенки: северо-западная со звоном и юго-западная, прикрывавшая выход из внутристенной лестницы на верхнюю площадку и к каменной звоннице (где находились два больших колокола – весом в 100 и 46 пудов). В 1699 г. был отлит колокол, который окольничий Алексей Иванович Ржевский передал в храм Всемилостивого Спаса. Внизу храм примыкал к апсидам Благовещенской церкви, но его ось сдвинута к северу по отношению к продольной от собора. С запада и севера церковь окружена открытой галереей-гульбищем на арках подклета. С северной стороны галерея сообщается с галереей Благовещенского храма. Такой приём соединения церквей одной площадкой-гульбищем исследователи считают редким в древнерусской архитектуре. На втором этаже находилась церковь, единственный престол которой освящён в честь Происхождения честных древ Креста Господня. Алтарь полукруглый, без разделений. Позолоченный иконостас прямой, с тяблами в три яруса. Некоторые из 74 икон были написаны придворным иконописцем XVII в. Симоном Ушаковым. В храме находилась усыпальница Милославских и их родственников, могилы отмечены белокаменными гробницами, украшенными художественной резьбой. В 1865–1866 гг., спустя почти век после упразднения монастыря, на его территории на средства братьев Петра и Александра Соловьёвых была построена и в 1869 г. освящена тёплая церковь во имя Всех святых. Храм имеет форму правильного квадрата с выступающим алтарём, отмеченным главкой, одноглавый, со шлемовидным куполом на приподнятом барабане в середине здания. Обе главы венчают кресты, окованные медью и позолоченные. Роспись купола, стен и иконы для иконостаса выполнены московским художником Н.Г. Степановым. К началу XX в. в храме было три придела: главный – во имя Всех святых, во имя святителей Петра и Алексия, митрополитов Московских, и во имя св. Петра и мученицы Фёклы. С западной стороны Всехсвятского храма по проекту владимирского архитектора Николая Андреевича Артлебена выстроена пятиярусная каменная колокольня. На колокольне находилось девять колоколов; наиболее крупные отлиты на средства братьев Соловьёвых: один весил 549 пудов, полиелейный – 182 пуда.