В мае 2007 г. начались работы по восстановлению Всехсвятской церкви, весной-летом 2008 г. была проведена внешняя реставрация храма и благоустроена галерея между Благовещенским и Спасским храмами. В 1930 гг. сохранялась часовня над источником преподобного Сергия, но впоследствии она была разрушена. После продолжительных поисков её местоположения сёстрами были обнаружены остатки стен и фундамента строения. 15 марта 2003 г. состоялся молебен по случаю начала строительства новой часовни над источником преподобного Сергия Радонежского. Часовня и колодец были восстановлены, и 11 августа 2005 г., в день памяти преподобного Романа, освящены архиепископом Евлогием (Смирновым). Первые насельницы жили в холодном и сыром подклете храма Всемилостивого Спаса, т.к. здание бывших покоев настоятеля занимало отделение вневедомственной охраны города Киржача. В 1996 г. за оградой монастыря был приобретён небольшой дом, куда после ремонта и переселились сёстры. В 2000 г. были выстроены восточные въездные ворота и домик вратарниц. В него переселились четыре сестры, но большинство насельниц жили вне стен обители. В 2001–2005 гг. построили келейный корпус, в котором разместили трапезную, кухню, швейную мастерскую и кельи. В монастыре была также иконописная мастерская. В 1997 г. Киржачский монастырь получил разрешение на аренду земельного участка площадью 20 га близ деревни Ефаново Киржачского района. С 1998 г. было начато строительство домика на участке, и велись сельскохозяйственные работы, позднее заложен фундамент для фермы, устроены теплицы и возведены другие необходимые постройки. К 2007 г. восстановлена ограда монастыря. Регулярные богослужения совершаются монастырским клиром, состоящим из трёх священников и дьякона. В дни престольных праздников (Благовещения Пресвятой Богородицы, Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня, памяти преподобных Сергия Радонежского и Романа Киржачского), а также в первое воскресенье после Пятидесятницы и в день Всех святых устраиваются крестные ходы вокруг храмов обители с окроплением св. водой, освящённой в колодце часовни преподобного Сергия Радонежского. Насельницы и прихожане Киржачского монастыря помогают местным детскому дому и приюту. Летом 2006 г. по благословению архиерея при монастыре было основано Свято-Тихвинское сестричество, его сёстры (в основном, миряне и прихожане) служили в Палатах милосердия при Центральной районной больнице, помогали одиноким и престарелым жителям города. В больнице есть часовня в честь Тихвинской иконы Божьей Матери. Монастырский священник служил в храме в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» в исправительном учреждении для заключённых. С 1999 г. при монастыре действует детская воскресная школа. Прихожане монастыря преподают воспитанникам Закон Божий, историю церкви, рукоделие, пение. Школу посещает 30-35 детей.