В конце 1573 г. Карлу IX и Екатерине Медичи удалось предотвратить активные действия «недовольных»: принц Генрих Конде был назначен правителем Пикардии, а герцог Франциск Монморанси был включён в Королевский совет. Заговор, в ходе которого в ночь на масленичный вторник (mardi gras; 22–23 февраля 1574 г.) планировалось захватить замок Сен-Жермен, где находился при смерти Карл IX, и навязать кандидатуру герцога Алансонского в качестве короля, также был раскрыт. Однако деятельность «недовольных» ускорила начало новых военных действий: 11 марта в Нормандии высадился с английским войском гугенот Габриель де Лорж, граф Монтгомери (вскоре был взят в плен и казнён в Париже), началось восстание в Ла-Рошели, Генрих Монморанси-Дамвиль заключил соглашение с гугенотами Лангедока (29 мая 1574 г.), волнения охватили и другие провинции. Находившиеся при дворе принцы крови, в том числе король Генрих Наваррский, пытались бежать, но были арестованы. Современники по-разному оценивали Карла IX. Он активно занимался физическими упражнениями, был страстным охотником и составил «Книгу о королевской охоте» («Livre de la chasse royale»), которая была опубликована только в 1625 г. У Карла IX были способности к художественным ремёслам – чеканке, живописи, он увлекался историей, языками (прекрасно знал латынь и итальянский), поэзией (канцлер Франции гуманист Мишель де Лопиталь писал наставления юному монарху в стихотворной форме). Король покровительствовал французскому поэту Пьеру де Ронсару. При Карле IX продолжались (хотя и по инициативе Екатерины Медичи) строительные работы под руководством Пьера Леско в Лувре и началось возведение королевского дворца в Тюильри. Карл IX увлекался музыкой и театром, королевским указом (ноябрь 1570 г.) была легализована основанная Жаном Антуаном де Баифом Академия поэзии и музыки, Карл IX составил её устав. В ходе религиозных войн публицисты создали несколько исторических мифов о Карле IX. В большинстве памфлетов речь шла о защите слабого «мальчика-короля», но после Варфоломеевской ночи Карл IX предстаёт в протестантской политической пропаганде как лицемер, предатель, тиран, убивающий своих подданных (этот жанр получит развитие при королях Генрихе III и Генрихе IV, например, в трактате «Vindiciae contra tyrannos» («Иск против тиранов», 1579 г.), авторство которого приписывалось французскому протестантскому богослову и публицисту Филиппу Дюплесси-Морне).