Карл IX и королева-мать успели бежать в Мо, а затем в Париж. Эти события послужили поводом к началу второй религиозной войны (1567–1568 гг.). Принц Конде с войском подошёл к столице, но 10 ноября 1567 г. был разбит у Сен-Дени. В начале 1568 г. гугенотам удалось оттеснить католиков к Парижу и осадить Шартр. В этих условиях был заключён мир в Лонжюмо (23 марта 1568 г.), подтвердивший положения самого благоприятного для гугенотов «эдикта терпимости» (январь 1562 г.): кальвинистам предоставлялась свобода собираться для богослужений без оружия за городской чертой. Во время третьей религиозной войны (1568–1570 гг.) гугеноты сначала потерпели поражение в битвах при Жарнаке (13 марта 1569 г., погиб принц Конде) и Монконтуре (3 октября 1569 г.). Однако командовавшему гугенотской армией адмиралу Гаспару де Колиньи удалось кардинально изменить ситуацию: в марте 1570 г. он подошёл к Каркасону, взял Нарбон, сжёг деревни близ Монпелье и совершил стремительный рейд на север. 18 июня гугеноты разграбили аббатство Клюни, 20 июня – аббатство Ла-Ферте-сюр-Грон. 4 июля адмирал вошёл в Ла-Шарите (ныне Ла-Шарите-сюр-Луар). На западе гугеноты захватили Маран, Люсон и Ле-Сабль-д'Олон. Им сдались города Ньор, Бруаж и Сент. 8 августа 1570 г. в Сен-Жермен-ан-Ле был подписан эдикт примирения: гугенотам предоставлялась свобода совести, кальвинистское богослужение разрешалось по всему королевству (в предместьях двух городов каждого податного округа); протестанты могли занимать королевские должности, главные представители гугенотов, в их числе Гаспар де Колиньи, были включены в Королевский совет. В протестантской историографии условия мирного договора часто расценивались как ловушка, призванная усыпить бдительность гугенотов, однако в настоящее время исследователи, в основном, считают, что королевская власть искренне стремилась примирить гугенотов и католиков. Карл IX называл Сен-Жерменский эдикт «своим договором и своим миром», считал его Божественной милостью, призванной помочь королю объединить противников в гражданском согласии, обеспечить возврат к религиозному единству. Мирная передышка дала возможность королеве-матери возобновить переговоры о брачных союзах. В 1571 г. был заключён брак Карла IX с Елизаветой Австрийской, дочерью императора Максимилиана II. От этого союза в 1572 г. родилась дочь Мария Елизавета (ум. в 1578 г.). В июле 1571 г. французский король представил официальные предложения о браке своей сестры Маргариты Валуа и предводителя гугенотов Генриха Бурбона, принца Наваррского, его матери королеве Жанне д'Альбре.