Возможность межконфессионального брака встревожила папу Римского Пия V, который отказался дать разрешение, ссылаясь на близкую родственную связь между женихом и невестой. Карл IX принимал активное участие в переписке с Папским престолом; в июле 1572 г. король довёл до сведения нового папы Григория XIII, что свадьба состоится в любом случае. После подписания Сен-Жерменского мира особое влияние в Королевском совете приобрёл адмирал Гаспар де Колиньи, предложивший королю сплотить католическое и гугенотское дворянство в новой войне против Испании на территории Нидерландов (там началось восстание, значительную роль в котором играли протестанты). Весной 1572 г. туда отбыл отряд волонтёров, действовавший якобы на свой страх и риск; позднее он попал в окружение под городом Монс и сдался герцогу Альбе. Современники и вслед за ними некоторые историки считали, что Карл IX с энтузиазмом поддерживал планы Гаспара де Колиньи, т.к. завидовал воинской славе младшего брата Генриха Анжуйского, командовавшего королевскими войсками в битвах при Жарнаке и Монконтуре. Сближению 20-летнего короля с Гаспаром де Колиньи противилась королева-мать, опасавшаяся открытой войны с Испанией в случае реализации внешнеполитических планов, предлагаемых адмиралом. Тем не менее, Гаспар де Колиньи сыграл большую роль в переговорах с королевой Наваррской Жанной д'Альбре о предстоящем браке её сына (по словам венецианского посла, Екатерина Медичи обещала в случае успеха не препятствовать его общению с Карлом IX). 18 августа 1572 г. состоялась свадьба Генриха Бурбона и Маргариты Валуа (папское разрешение на брак получено не было). На церемонию съехались наиболее видные представители гугенотского дворянства. В Париже, большинство населения которого составляли католики, стали распространяться слухи о гугенотском заговоре, целью которого называли в том числе и убийство короля. 22 августа выстрелом из аркебузы в руку был ранен Гаспар де Колиньи. Гугеноты потребовали наказания герцога Генриха Гиза, которого считали организатором покушения (выстрел был сделан из дома, принадлежавшего герцогине Немурской Анне д'Эсте, вдове убитого в 1563 г. при осаде Орлеана Франциска Гиза). Карл IX со всей королевской семьёй пришёл к постели раненого Гаспара де Колиньи и обещал гугенотам поддержку и правосудие. Однако в ночь на 24 августа в Париже началось уничтожение протестантов; были убиты около 2 тыс. гугенотов, собравшихся на свадьбу, в том числе и Гаспар де Колиньи. Погромы прошли в некоторых провинциальных городах (Бордо, Тулуза, Орлеан, Лион).