Несмотря на оппозицию со стороны Парижского парламента и Парижского университета, генеральная ассамблея окончательно утвердила Орден иезуитов во Франции. Исследователи полагают, что под влиянием кальвинистов был составлен список желательных изменений литургического характера: отказ от использования изображений в храмах, упрощение «церемонии крещения», введение в литургическую практику чтений, молитв и песнопений на французском языке, проведение в определённые дни причащения под двумя видами. Эти предложения представил Жан де Монлюк, епископ Валанса (ходили слухи о том, что он склонялся к кальвинизму, однако официально в протестантизм не переходил); королева-мать включила их в обширное послание от 4 августа 1561 г. к папе Римскому Пию IV, однако в Рим оно, по мнению исследователей, так и не было отправлено. По инициативе Екатерины Медичи, которая стремилась примирить враждующие политико-религиозные «партии» и добиться взаимных уступок в ходе обсуждения спорных вопросов вероучения, 9 сентября – 14 октября 1561 г. в Пуаси состоялся богословский коллоквиум. В нём приняли участие около сорока французских епископов, в том числе Реймсский архиепископ, кардинал Карл Лотарингский, которого сопровождал французский теолог Клод д'Эспанс, Лионский архиепископ, кардинал Франсуа де Турнон, а также папский легат Ипполит д'Эсте и генерал Ордена иезуитов Диего Лайнес, и 12 кальвинистских министров (пасторов) во главе с прибывшим из Женевы Теодором Безой. Малолетний король в сопровождении братьев и сестры, принцев крови и членов Королевского совета присутствовал на коллоквиуме в Пуаси и приветствовал собравшихся краткой речью. Основным на богословском диспуте стал вопрос о реальном присутствии Христа в евхаристии. Кальвинистские богословы рассматривали коллоквиум в Пуаси как трибуну для открытого изложения своих религиозных воззрений. Уже на первом заседании Теодор Беза заявил, что «Тело и Кровь Христовы так же далеки от хлеба и вина, как самое высокое небо далеко от земли». По приказу королевы-матери была создана особая комиссия из пяти католических и пяти кальвинистских теологов, но сформулированное ими после долгих дискуссий определение было отвергнуто французскими прелатами. Одновременно с диспутом католиков и кальвинистов на генеральной ассамблее французского духовенства в Пуаси были обсуждены условия так называемого финансового контракта; с санкции Римской курии он был зафиксирован в октябре 1561 г. Французские короли неоднократно обращались к церкви с просьбами о финансовой поддержке, духовенство с одобрения Папского престола, как правило, выплачивало королю испрашиваемые суммы. По условиям финансового соглашения 1561 г. требования короля принимали регулярный характер, королевская казна получила новый источник постоянного дохода (вплоть до Французской революции 1789–1799 гг.). Контракт, заключённый в Пуаси, был рассчитан на 16 лет (1562–1577 гг.). По его условиям духовенство было обязано сначала (с 1 января 1562 г. по 31 декабря 1568 г.) ежегодно уплачивать 1,6 млн. турских ливров, которые должны были пойти на выкуп отчуждённого некогда королевского домена, а с 1 января 1569 г. – выкупать ренты парижского муниципалитета (rentes sur l'Hôtel de ville) на сумму не меньше 700 тыс. турских ливров в год.