Продолжая политику примирения, 17 января 1562 г. король издал «эдикт терпимости», согласно которому кальвинистам предоставлялась свобода собираться для богослужений без оружия за городской чертой. Гугеноты были ограничены в действиях во время католических праздников и других торжеств. Однако уже в марте 1562 г. дворяне герцога Франциска Гиза напали на гугенотов, исполнявших в сельской риге религиозные песнопения, 23 из них были убиты и около сотни ранены. «Резня в Васи» стала началом первой религиозной войны (1562–1563 гг.). Хотя гугеноты оказались подготовленными к войне, она завершилась победой армии католиков. Согласно подписанному в Амбуазе мирному договору (19 марта 1563 г.), гугенотам было дозволено собираться в пригородах лишь нескольких крупных городов (кроме Парижа). Контроль за исполнением этого и последующих эдиктов о примирении с гугенотами возлагался на особых королевских комиссаров. Они должны были разбирать судебные дела, касавшиеся религиозных вопросов, определять места для отправления протестантского культа и для захоронения умерших, наказывать нарушителей условий эдиктов, заниматься возвращением собственности, ранее украденной или конфискованной у гугенотов. Военные действия, которые вёл Карл IX против гугенотов, потребовали серьёзных финансовых затрат: чтобы оплатить армию, королева-мать от лица Карла IX в мае 1562 г. обратилась к архиепископам Санса, Руана и Реймса с просьбой об авансе в 300 тыс. турских ливров из 1,6 млн. ливров, не собранных ещё по пуасийскому финансовому контракту. В октябре того же года из-за нехватки средств были выпущены ренты парижского муниципалитета на сумму 100 тыс. турских ливров, проценты по которым должно было выплачивать духовенство епископств Парижа, Бове и Мо из доходов от бенефициев (hypothèque sur le temporel de l'Église). В феврале 1563 г. духовенство обязалось обеспечить доход от новых рент на сумму 200 тыс. турских ливров. Деньги тратились задолго до того, как их собирали, и не на те цели, которые были определены финансовым контрактом. Когда французское духовенство осмелилось указать королю, что оно обещало выплачивать долги по финансовым обязательствам, заключённым до 1561 г., и что новые ренты, выпущенные после 1561 г. на 500 тыс. турских ливров, ничем не обеспечены, Карл IX, несмотря на протесты со стороны духовенства и Парижского парламента, в обход папы Римского добился регистрации парламентом решения об отчуждении (aliénation) церковных владений на сумму, эквивалентную 100 тыс. экю в рентах (17 мая 1563 г.). Тогда же начались продажи церковных владений.