Поскольку тезис о предумышленности уничтожения гугенотов в Париже в настоящее время в целом исследователями отвергнут, в историографии оформилось мнение, что на решение о резне повлияли паника, страх членов королевской семьи и близкого придворного круга как перед правосудием, которое могло уличить их в причастности к заговору Гизов (явному или мнимому) против Гаспара де Колиньи, так и перед царившим в Париже возбуждением и ростом радикальных настроений в городской среде. Судя по всему, исследователи делают вывод, что Карл IX санкционировал убийство гугенотов под настойчивым давлением матери и её окружения. Уже утром 24 августа король отдал приказ о немедленном прекращении беспорядков, однако затем заявил, что всё случилось по его воле. Тем не менее, Парижский парламент, заседавший вскоре в присутствии короля (и соответственно обязанный утвердить те решения, которые предложил монарх), не аннулировал Сен-Жерменский эдикт 1570 г., а, напротив, подтвердил его статьи о религоизной свободе (было отменено лишь право гугенотов владеть крепостями и иметь собственные войска). События Варфоломеевской ночи были с радостью встречены в Риме и Мадриде, однако во Франции конфликт перерос в широкомасштабные войны. Католики безуспешно осаждали крепость Ла-Рошель, которая фактически превратилась в центр независимой гугенотской республики, получавшей помощь от союзников с моря (с февраля по июнь 1573 г. было предпринято восемь штурмов города; военными действиями командовал герцог Анжуйский). 25 июня с защитниками крепости был подписан мирный договор, что означало поражение королевской армии. Карл IX поддержал избрание своего брата, герцога Генриха Анжуйского, на польский престол. Польским послам, прибывшим сообщить об избрании Генриха Валуа королём, Карл IX оказал торжественный приём в Париже. 10 сентября 1573 г. французский король, болезнь которого обострилась, а прямых наследников мужского пола не было, подписал документ о наследовании короны его братьями (по старшинству). Желая пойти в обход установленного порядка наследования, младший брат короля герцог Франциск Алансонский примкнул к партии «недовольных». Эта группа французского дворянства была возмущена тем, что власть, захваченная «иностранцами» (итальянцами и лотарингцами), подстрекает чернь на бессудное уничтожение аристократов, которые по своему положению могли бы помешать тирании (среди «недовольных» были первые бароны Франции, герцоги Монморанси – Франциск, маршал Франции, и Генрих Дамвиль, генеральный наместник Лангедока). «Недовольные» опасались вступления на французский трон Генриха Анжуйского, рьяного католика и близкого, как считалось, друга Гизов, и были готовы поддержать амбициозные планы на престол герцога Алансонского.