На ассамблее духовенства Франции 15 сентября 1563 г. королю была предложена субсидия в 2,5 млн. турских ливров; кроме того, он удерживал за собой денежные суммы, полученные от уже свершившихся продаж, которые составили 1,2 млн. турских ливров. 17 августа 1563 г. в Руане Карл IX был официально объявлен совершеннолетним. Чтобы юный монарх смог лучше узнать своё королевство и подданных, было организовано его путешествие по Франции (позднее историки назовут его «большим королевским турне» – «grand tour royal»): за два года (1564–1566 гг.) королева-мать, король, его братья Генрих Анжуйский (впоследствии король Франции) и Франциск Алансонский, сестра Маргарита (впоследствии королева Наварры и Франции), представители высшей французской знати (принц Людовик Конде, герцог Генрих Гиз, Генрих, принц Беарнский (впоследствии король Наварры и Франции; см. Генрих IV), Генриетта, герцогиня Неверская, Альберт Гонди, герцог Рец, и др.), королевский двор и высший государственный аппарат проехали по всей Франции. В Маконе к королевскому кортежу присоединилась королева Наваррская Жанна д`Альбре, ревностная кальвинистка. 9 августа 1564 г. в Руссильоне Карл IX подписал эдикт, согласно которому среди прочих указаний год начинался с 1 января. Летом 1565 г. в Байонне и Сен-Жан-де-Люз состоялась встреча королевской семьи с испанской королевой Елизаветой, старшей сестрой Карла IX и женой испанского короля Филиппа II. Испанскую королеву сопровождал Фернандо Альварес де Толедо, герцог Альба, уведомивший Карла IX и королеву-мать о том, что испанский монарх крайне недоволен французской политикой терпимости по отношению к протестантам (эти переговоры укрепили подозрения гугенотов в подготовке новой войны против них). Во время пребывания короля в Мулене (22 декабря 1565 г. – март 1566 г.) велось обсуждение большой судебной и административной реформы королевства, по инициативе канцлера Мишеля де Лопиталя было созвано собрание нотаблей, где рассматривались будущие преобразования. Политика Карла IX по отношению к гугенотам изменилась после попытки их лидеров захватить королевскую семью, так называемая сюрприза в Мо (surprise de Meaux), что окончательно определило позицию французского короля как защитника католической церкви. В ответ на крупное восстание в Нидерландах против испанского владычества, в котором кальвинисты играли активную роль (1566 г.), испанский король Филипп II послал во Фландрию большую армию во главе с герцогом Альбой. Сначала никто точно не знал, куда она направляется. Опасаясь нападения, гугеноты по инициативе принца Конде решили нанести упреждающий удар: была сделана попытка захватить короля в бургундском замке Монсо.