При покрытии пола мраморными плитами мастером Димитрием Мавромарисом (1859 г.) произошло чудесное событие. В монастыре не оказалось клея, чтобы прикрепить плиты. Один из монахов увидел во сне, что к монастырской пристани приплыл кит. Он поведал об этом братии, и они действительно обнаружили у пристани на мелководье небольшого кита (один из видов китов обитает в Эгейском море). Из его жира монахи изготовили необходимый клей. Скелет этого кита находится в монастырском музее, размещённом на нижнем этаже северного корпуса. Монастырские здания исследователи относят к четырём строительным фазам: середине XVI в. (кафоликон, келейные корпуса, башня пристани); началу XVIII в. (пристройки и поновления кафоликона и келейных корпусов); после пожара 1875 г. (южный корпус, трапезная, архондарик, часть восточного корпуса); после пожара 1988 г. (северо-восточная часть монастырского комплекса и общий ремонт корпусов). Наиболее видным зданием Каракала является шестиэтажная башня высотой 28 м в западном корпусе, напротив западного входа в кафоликон. В.Г. Григорович-Барский считал её одной из самых больших и красивых на Афоне. В ней размещался парекклисион пророка Илии. В настоящее время на пятом этаже устроен парекклисион во имя праведной Анны. С севера к башне примыкают ворота с надвратным парекклисионом Успения Пресвятой Богородицы. В 1744 г. ворота уже находились в углу западной стены, но в восточной стене ещё выделялась кладка на месте старых ворот. В северном корпусе расположены кельи, парекклисионы Благовещения Пресвятой Богородицы и святых Варлаама и Иоасафа (под ними соответственно парекклисионы Иоанна Милостивого, патриарха Александрийского, и великомученика Пантелеимона), а также архондарик и маслодавильня. В восточном корпусе находятся резиденция игумена и синодикон (зал для торжественных встреч и заседаний), парекклисион преподобномученика Гедеона, библиотека и ризница (на нижнем этаже). В южном корпусе расположены трапезная (1876 г.; на месте трапезной 1687 г.), поварня с высокими сводами и дымоходом, винодавильня и кельи; в западном корпусе – кельи и башня; в юго-западном углу монастырского двора – пекарня; в юго-восточном углу – музей. За монастырской стеной, напротив башни, устроена водосвятная купель под сенью (1801 г.), украшенная барочным рельефом. Рядом находится парекклисион великомучеников Феодора Стратилата и Феодора Тирона, за ним построены дома работников. К северо-западу от Каракала расположена кафизма с кладбищенским храмом Всех святых (1768 г.), украшенным фресками (в том числе с изображением императора Каракаллы), к юго-западу от монастыря, за ручьём, – полуразрушенная кафизма с парекклисионом св. Параскевы (в 1986 г. начаты первые реставрационные работы). Комплекс арсанаса (пристани) включает башню высотой 21,6 м, построенную в 1533/1534 г. на средства господаря Петру Рареша и монаха Иоасафа мастером Хаджи-Дионисием Сиропулосом. В библиотеке хранятся 279 манускриптов (из которых 42 написаны на пергамене) и 2500 печатных книг. Древнейшие рукописи исследователи датируют IX в. – это написанные унциалом Евангелие и «Рай отцов». Два кодекса относятся к Х в. – «Лествица» (958 г.), и Сборник изречений св. отцов и античных авторов.