После падения Константинополя (1204 г.) для афонских обителей наступил период нестабильности, поскольку помимо политического давления крестоносцев монастыри подвергались частым нападениям пиратов и разбойников. Согласно Житиям Саввы Сербского, латинские пираты разграбили и опустошили Каракал, взяв в плен игумена и братию. Спасая их от верной гибели, Великая Лавра согласилась внести за них выкуп при условии, что Каракал вместе со всеми своими подворьями становился зависимым от Лавры. Святитель Савва вернул потраченные на выкуп деньги, чтобы избавить Каракал от обязательств перед Лаврой, в обмен на вечное поминание себя и своих родителей, а также позаботился о восстановлении разрушенных строений. Незадолго до 1257 г. насельникам Каракала, для того чтобы устроить виноградник, были переданы земли опустевшего монастыря Агиопатита, а прот Феодор актом 1257 г. удовлетворил претензии на эти владения монастыря Алипия, которому были переданы другие земли. В 1262 г., после столетнего перерыва, исследователи встречают подпись каракальского игумена на акте прота Арсения. Сохранились противоречивые предания о разорении Каракала «латинянами»: либо сторонниками Лионской унии в 1270 гг., либо каталонцами между 1306 и 1308 гг. Экономический расцвет Каракала в конце XIII – первой половины XIV вв. был связан с деятельностью будущего Константинопольского патриарха Афанасия I, строгого аскета и сторонника точного соблюдения монашеских канонов, его считали предтечей исихастов на Афоне. С 1278 г. он принимал участие в жизни Каракала и сформировал духовный климат монастыря, который в последующие годы привлекал в обитель подвижников, стремившихся к подобному образу жизни. В Житии Афанасия I не уточняется место его подвигов на Афоне, но в предисловии к хрисовулу императора Андроника II Палеолога (1294 г.), где перечислены просьбы патриарха к императору, касающиеся Каракала, указано, что Афанасий I подвизался именно в этом монастыре. Он ходатайствовал перед Андроником II о подтверждении привилегий Каракала и права владения подворьями Николая Чудотворца (Крион-Нерон) в долине реки Стримон, великомученика Пантелеимона на острове Фасос (Тасос) и великомученика Георгия на острове Лемнос, селения Декалиста с окружающими землями, селения Каллиста, полем св. Ипатия на полуострове Афон, к юго-западу от Ватопеда, обителью Христа Спасителя «ту Агиомавриту» в Фессалонике. Хрисовул императора Андроника II 1294 г. сохранился в копии первой половины XIV в., заверенной протом Исааком (1316–1342 гг.). После того как обитель была отстроена, число братии значительно увеличилось. Из акта 1316 г. исследователям известно имя каракальского игумена – Матфей. Акт 1324 г. с подписью прота Исаака передавал Каракалу принадлежавшую Протату небольшую келлию Эксиполиту (дословно «Босоногого»), чтобы обеспечить водоснабжение монастыря. Между 1320 и 1330 гг. каракальский игумен Иакинф Керамевс приобрёл у Анастасия Дуки Торникия поля к востоку от Фессалоники, в местности Агиос-Фомас, или Лимоиоанну. Иакинф Керамевс, бывший игуменом Каракала около 23 лет (1310–1333 гг.), происходил из аристократической фессалоникийской семьи и являлся родственником Германа Марулиса.