Данные о количестве братии в Каракале в этот период противоречивы: Константинопольский патриарх Кирилл II Контарис в послании царю Михаилу Фёдоровичу указывает более 130 монахов, Иосиф (Георгиринис), митрополит Самосский, в 1666–1671 гг. – 500 человек, Дж. Ковел в 1677 г. – 50 человек, иеромонах Ипполит (Вишенский) в 1709 г. – 24 человека, Василий Григорьевич Григорович-Барский в 1744 г. – 20 человек, а с насельниками подворий и сборщиками пожертвований – 50 человек, официальная перепись 1764 г. – 167 человек вместе с келлиотами, перепись 1808 г. – 44 монастырских инока и 55 келлиотов, болгарская Хроника монахов Никифора и Иерофея около 1821 г. – 60 человек. По мнению К. Хрисохоидиса, значительные разногласия источников связаны с тем, что в некоторых случаях в число братии включались келлиоты, а упоминание 500 насельников является ошибочным, поскольку митрополит Иосиф никогда не бывал на Афоне. В 1640 гг. монахи Каракала просили у митрополита Брэилы разрешения на восстановление разрушенного храма Николая Чудотворца в Измаиле в Бессарабии. Как предполагает Нэстурел, это случилось, скорее всего, в 1641 г., когда представители Каракала вместе с другими святогорцами сопровождали отправленные из Константинополя в Яссы честные мощи св. Параскевы. В 1648 г. Каракал получил от Константинопольского патриарха Иоанникия II для своего нового подворья статус ставропигиального монастыря, обязуясь в соответствии с патриаршим сигиллием ежегодно поставлять за это патриархии 12,8 кг икры. В 1648 г. три каракальских монаха купили протатскую келлию Панагии. В 1661 г. Протат продал Каракалу три келлии в Карее, в том числе келлию Введения Пресвятой Богородицы – за 137,5 гроссов. В конце XVII – первой четверти XVIII в. Каракал приобрёл обширные угодья в окрестностях Иерисса. В первой четверти XVIII в. во владение Каракала перешёл монастырь Преображения Господня «ту Фотину» на острове Айос-Эфстратиос. В 1707 г. проигумен Дионисий Ивирит отремонтировал северный корпус монастыря, а монах Иоасаф – другие корпуса. В 1710–1714 гг. на средства игумена Никодима к кафоликону были пристроены экзонартекс и колокольня. Посетивший Каракал в 1725 г. В.Г. Григорович-Барский отметил благополучное экономическое состояние монастыря: «...Обаче вь всякой потребе ненужден, имат бо своя корабля и мрежа и прочая прибитки, имиже питается». От насельников он слышал, «яко тамо прежде болгары обытаху, нине же ни единаго болгара несть, но вси греки». В 1813 г. Каракал перешёл на общежительный устав в соответствии с сигиллием Константинопольского патриарха Кирилла VI. В Каракале подвизался преподобномученик Гедеон (ум. в 1818 г.). Под давлением обстоятельств в юности он отрёкся от Христа, но впоследствии раскаялся, 35 лет прожил монахом в Каракале, после чего добровольно отправился на место бывшего отречения и претерпел мученическую кончину за веру. Местночтимым святым Иерисской митрополии является другой насельник монастыря – преподобный Гервасий, юродивый Христа ради (ум. в 1830 г.; память 14 октября). Серьёзные испытания выпали на долю Каракала и других афонских монастырей во время греческой национально-освободительной революции 1821–1829 гг.