В Житии преподобного Германа сообщается о тесных связях этого святого и его брата Андроника с Каракалом. Впоследствии Андроник принял в этой обители монашеский постриг, а его сын Иоанн, тяжело заболевший в Каракале, был вылечен преподобным Германом. Сподвижник преподобного Германа иеромонах Пезос принадлежал к братии Каракала, автор Жития преподобного Германа Константинопольский патриарх Филофей Коккин был знаком с игуменом Иакинфом. По мнению исследователей, в Каракал около 1324 г. удалился на покой Фессалоникийский митрополит Малахия, ученик патриарха Афанасия I и духовный отец преподобного Германа. До избрания на Фессалоникийскую кафедру Малахия был игуменом Великой Лавры. В то же время в скиту Глоссия в окрестностях Каракала в течение двух лет (около 1323 – около 1325 гг.) подвизались аскет Григорий Дримис и Григорий Палама, покинувшие затем эту местность в связи с угрозой пиратских набегов. Каракал пользовался покровительством императора Иоанна V Палеолога (1341–1391 гг.) и получал от него дарения. В Типиконе Святой Горы 1394 г. Каракал занимал шестое место в иерархии афонских монастырей. В XV в., после нападения пиратов, Каракал пришёл в упадок. В 1444 г. итальянский археолог и путешественник Кириак из Анконы, посетивший монастырь, сообщил, что в Каракале подвизались бедные монахи сербского происхождения во главе с игуменом Давидом. В 1489 г. хиландарский игумен Исаия называет Каракал «арнаутским», т.е. албанским монастырём, число насельников в нём было наименьшим по сравнению с другими афонскими монастырями – 30 человек. Сведения о славянских насельниках в начале XVI в. подтверждаются архивными материалами: акты монастыря преподобного Дионисия (1503 г.) и прота Моисея (1504–1505 гг.) подписаны по-славянски каракальскими игуменами Стефаном и Максимом. К. Павликианов считает, что они были, скорее, болгарами, чем сербами. У исследователей есть свидетельство существования в 1476 г. скита Каракала. В этот год прот Каллист и собрание в Карее признали несостоятельными жалобы на недостатки в его устроении и разрешили дальнейшее проживание там монахов. В других источниках упоминаются отдельные келлии, в том числе келлия Успения Пресвятой Богородицы (1509–1510 гг.), где подвизался Симеон (с 1514 г. – епископ Иерисский), и келлия Святой Троицы, которую основал в 1519 г. преподобный Дионисий Олимпийский (он жил в ней три года). Исследователям неизвестно, сколько келлий было в скиту в XV–XVI вв., но в сохранившемся списке 1707 г. насчитывается 25 келлий. Возрождение и перестройка Каракала после землетрясения 1509 г. и пожара 1530 г. стали возможны благодаря помощи молдавских господарей. Средства на восстановление монастыря были предоставлены молдавским господарем Петру IV Рарешем (1527–1538; 1541–1546 гг.) и его зятем Александру III Лэпушняну (1552–1561; 1564–1568 гг.). В 1533/1534 г., как полагают исследователи, на месте старого комплекса зданий, у пристани (арсанаса) были воздвигнуты новые строения, рассчитанные на проживание примерно 15 монахов. Сохранившаяся над дверью башни греческая надпись свидетельствует, что она создана господарем Петру и монахом Иоасафом, которые поручили строительство мастеру-каменщику Дионисию Сиропулу.