С этим выводом согласился А. Василакерис, который отметил молодой возраст изображённого императора, на основании чего предложил ещё более раннюю дату росписей – 1282 г. (восшествие Андроника II на престол). Масштабность фрескового ансамбля храма Протата вызывала у исследователей сомнения в том, что все изображения могли быть выполнены одним Михаилом Панселином без участия других мастеров. Е. Цигаридас отмечает стилистическое единство росписей, но при этом указывает на разнообразие художественных приёмов, и считает, что Михаил Панселин возглавлял артель. Б. Тодич выделяет трёх художников, работавших в Протате, а Василакерис – четырёх основных. По мнению Б. Тодича, первый мастер работал в манере, наиболее близкой художникам, расписывавшим церковь Пресвятой Богородицы Перивлепты. Он создал большую часть образов отшельников и праотцев. Чтобы достигнуть впечатления убедительной пластичности, использовал для моделировки резкий тёмно-зелёный цвет, дополняя его штриховкой. Второй художник избегал излишних линий в моделировке личнóго, создавая ровные светотеневые переходы (например, лики Димитрия Солунского, а также в композициях «Христос и самарянка», частично в «Успении Пресвятой Богородицы»). Третьему, самому одарённому живописцу, который следовал лучшим образцам XIII в., Б. Тодич приписывает фигуры св. воинов, тронные образы Иисуса Христа и Богоматери с Младенцем на предалтарных столбах, святителей в алтаре, композиции «Тайная вечеря», «Христос перед Пилатом» и «Введение во храм Пресвятой Богородицы». Этот мастер предпочитает тёплые цвета и при моделировке пользуется зелёным санкирем лишь для того, чтобы слегка подчёркивать контуры. По мнению А. Василакериса, первый, наиболее талантливый художник выполнил тронные изображения Христа Пантократора и Богоматери с Младенцем (на предалтарных столбах), архангела Михаила (на западной стене) и св. воинов-мучеников. Ему присуще особое умение в передаче трёхмерности и изображении выразительного взгляда. Второму мастеру принадлежат фигуры святителей на северной стороне южного алтарного столба и композиция «Умовение ног». Он идеализирует образы и использует тёплые розоватые тона в личном письме. Третьему художнику исследователи приписывают фигуры иерархов в диаконнике и сцену «Исцеление сухорукого»; при моделировке ликов он отдаёт предпочтение контрастам света и тени и созданию строгих образов. Четвёртому мастеру А. Василакерис атрибутировал образы святых (например, преподобного Нила), у которых лики смоделированы сочетанием мазков тёплых и холодных оттенков, а линеарная разделка напоминает «борозды»-морщины. Сохранились сорок композиций, относящихся к четырём тематическим циклам (двунадесятых праздников, Страстному, Цветной Триоди, Богородичному), и 288 отдельных фигур. Росписи утрачены в верхней зоне стен, а также на фронтонах нефа и трансепта. Большинство фресок, несмотря на влажность, сохранилось в удовлетворительном состоянии. Они были отреставрированы в 1953–1956 гг. под руководством Ф. Захариу. Впоследствии было установлено, что под слоем фресок палеологовского времени сохранились фрагменты росписи средневизантийского периода.