Не позднее XIII в. храм Протата был окружён стеной с четырьмя башнями (сохранилась одна из башен палеологовского периода, встроенная в новое здание Священного Кинота). Рядом с храмом существовали административное здание, кельи, в которых жили служившие в этой церкви клирики, и, как полагают исследователи, трапезная. Священники храма Протата содержались афонскими монастырями. Со второй половины XIV в. упоминаются также некие «церковники», точная функция которых исследователям неизвестна (по одной из версий, пономари, ризничие). Храм Протата должен был иметь 12 «церковников», четверых из которых присылали четыре главных монастыря, а восемь остальных – все прочие монастыри. В 1489 г. хиландарский игумен Исаия называет Карею «монастырём протов» и указывает на незначительное по сравнению с другими монастырями число насельников – 30 человек (в Великой Лавре в это время подвизалось 300, а в Ватопеде – 330 человек). Проты избирались не только из братии крупных монастырей, но и из насельников карейских келлий и обителей: например, Иоанн из обители Алипия (1284/1285 г.), Исаак, игумен обители Анапавса (1316–1345 гг.), Феодосий, проигумен обители Алипия (1355–1356 гг.). В XVI в. карейские келлиоты играли заметную роль в делах управления: иеромонах Гавриил из келлии Капрули в 1515–1538 гг. становился протом пять раз, иеромонах Серафим из келлии Кофу, впервые избранный протом в 1538 г., на протяжении 59 лет занимал должности в Протате. На XVI в. приходится период расцвета Кареи, о чём свидетельствуют сохранившиеся высококачественные росписи храмов некоторых келлий: фрески келлии Фласка около 1526 г. (анонимный художник, расписавший также парекклисион св. Иоанна Предтечи над нартексом Протата) и Моливоклисьи 1537–1541 гг. (представитель критской школы живописи, по мнению исследователей, ученик Феофана Критского). В конце XVI в. с упразднением института Протата управление перешло к собранию игуменов 20 монастырей, называемому «Великая средина», исполнительным органом которого были четыре эпистата (представители монастырей). Спустя полвека должность прота была временно восстановлена, но он уже не играл прежней роли. В 1661 г. «Великая средина» из-за необходимости уплаты долгов продала монастырям все келлии, которые были в ведении Протата. Хиландар приобрёл 24 келлии, Великая Лавра – 14, Иверский монастырь – девять, Дионисиат – семь, Ватопед – шесть, Кутлумуш – четыре, монастырь преподобного Павла – четыре, монастырь преподобного Григория – четыре, Зограф – три, Каракал – три, Симонопетра – три, Эсфигмен – три, великомученика Пантелеимона – три, Дохиар  две, Филофея монастырь – две, Ставроникита – две, Пантократор – одну, Ксиропотам – одну, Ксенофонта монастырь – одну, Кастамонит – одну келлию.