Пристроенные помещения ограничили внутренний двор. Самые поздние конструкции (X в.) разделяют здание на несколько 2–3-комнатных помещений. Последний раскопанный участок расположен ближе к вершине холма. В обнаруженных строениях также исследователи выделили пять стратиграфических слоёв VII–X вв. Самый первый (начала VII в.) образован отдельно стоящими постройками с комнатами разных размеров, дворами и улицами. С северной стороны вдоль улиц проходят дренажные каналы. Стены зданий сложены из базальтовых плит толщиной 60–70 см. Только некоторые улицы вымощены базальтовыми плитами. Расположение зданий свидетельствует о том, что эти сооружения были частными домами; здесь были найдены сосуды для приготовления пищи, печи, жернова. Под слоем штукатурки византийского времени были обнаружены глиняные предметы раннего римского периода. В одной из комнат найдены артефакты раннего бронзового века. Поселение перестраивалось в византийский период. Под каменным полом одной из комнат был открыт клад из 282 золотых динаров омейядского периода. Здесь хорошо заметны следы землетрясения 746 г.: слой этого времени содержит пепел и развалы камней. В конце VIII – начале X вв., после землетрясения, этот район был перестроен: в зданиях увеличилось количество комнат и их размер. Улицы были объединены в кварталы, внутри которых строились жилые помещения. Однако качество строительства снизилось. Самые поздние строения относятся к XI в. В этом месте исследователи не нашли фортификационные сооружения, за исключением стены толщиной 1,5 м, начинающейся на территории, принадлежащей францисканцам и проходящей вдоль северного побережья озера. Скорее всего, по мнению исследователей, она не имела оборонительной функции, но использовалась в качестве дамбы при повышении уровня Галилейского моря, рядом могли быть якорные стоянки для рыбацких лодок. На приобретённом в конце XIX в. Иерусалимским патриархатом участке был основан монастырь Собора апостолов. Церковь построена в 1925 г. Службы в храме совершались без перерыва до 1948 г. После создания государства Израиль в 4 км от церкви в честь Собора апостолов была установлена сирийско-израильская граница, на приграничной территории священники находиться не могли. В результате шестидневной войны 1967 г. граница Израиля и Сирии переместилась дальше на восток, в 1980 гг. храм был фактически перестроен заново (от прежнего сохранился только каменный иконостас 1931 г.) в традиции церквей островной Греции. В 1995–2000 гг. храм был расписан греческим художником Константином Дзумакисом. Первые научные описания синагоги принадлежат Эдварду Робинсону, изучавшему её в 1838 г. Археологические раскопки проведены С. Андерсоном (1856 г.), Э. Робинсоном (1857 г.), У. Уилсоном (1866 г.) и Горацием Гербертом Китченером (1881 г.). После этих работ арабы в знак протеста разобрали остатки синагоги в Капернауме. По мнению исследователей, тогда же были утрачены наиболее сложные элементы декора с изображениями различных существ, которые теперь реконструируются лишь гипотетически. В 1894 г. территорию древнего Капернаума приобрёл Орден францисканцев, и чтобы предотвратить дальнейшее разрушение синагоги, она была засыпана землёй.