Эти систематические раскопки проводили, в основном, на комплексе, который, как полагают исследователи, был домом апостола Петра, и в синагоге с целью определения даты их основания и восстановления истории. Однако в дальнейшем больше стали изучать материал I в. Раскопки показали, что это место было заселено с эпохи ранней бронзы (около 2000 г. до н.э.). Сохранились остатки домов и линии предполагаемых улиц раннего среднего и позднего бронзового века. Следов пребывания людей с 1200 по 500 гг. до н.э. не найдено. Новое поселение, как полагают исследователи, было основано уже при персах, греко-римский и византийский периоды для Капернаума – время расцвета, продолжавшегося до арабского завоевания в VII в. Находки, сделанные на греческом участке, показывают, что Капернаум развивался и после арабского завоевания. По мнению исследователей, в это время начался рост христианского населения Капернаума. Результаты раскопок свидетельствуют, что город был окончательно покинут жителями только во время завоевания крестоносцами в конце XI в. В.К. Корбо и С. Лоффреда, судя по всему, по-разному отвечали на вопрос о том, был ли Капернаум в I в. н.э. деревней или (небольшим) городом. С. Лоффреда описывал его как неукреплённую и «относительно небольшую деревню», которая занимала в общей сложности территорию 4–5 га и простиралась приблизительно на 300 м вдоль берега озера (позже он определил, что площадь территории была до 6 га, и на ней проживало приблизительно 1,5 тыс. человек). В.К. Корбо утверждал, что Капернаум в римский период был небольшим, но процветающим городом, «построенным по ортогональному (Гипподамову) плану, включавшему cardo maximus или via principals (т.е. главную дорогу, ведущую в направлении с севера на юг) и ряд decumani (поперечных улиц с востока на запад)». Добротные жилые одноэтажные дома образовывали прямоугольные кварталы – инсулы. Во время раскопок были раскрыты несколько жилых кварталов, состоявших из «жилищ большого клана», для них характерна замкнутость (все окна выходили во внутренний двор, из которого на улицу была единственная дверь); жилые помещения располагались вокруг внутреннего двора, на крышу дома обычно вела каменная лестница. Дома строились, в основном, из местного вулканического базальта, без фундамента и без раствора. Лёгкие плоские крыши сооружались из деревянных балок, которые обмазывались слоем глины, смешанной с соломой (саманом). Американский библеист Дж. Л. Рид на основе имеющихся археологических данных о Капернауме в I в. сделал ряд выводов о роли Капернаума в региональной и межрегиональной экономике, о численности его населения и о внутренней планировке. Считалось, что благодаря расположению Капернаума недалеко от ответвлений международной «дороги моря» (Via Maris) он стал центром интенсивной торговли и местом пересечения «потоков идей и информации». Однако Дж. Л. Рид не нашёл оснований для такого заключения, т.к. в этой области не обнаружено милевых камней раннего римского периода; такие находки датируются только началом строительных проектов, связанных с императором Адрианом (117–138 гг.). Дж. Л. Рид полагал также, что «царская дорога» и «дорога моря» разделялись не севернее озера, а южнее его, и «царская дорога» далее шла по равнине через Скифополь или на север через Кесарию Филиппову.