Исследователи считают вполне вероятным, что во время проповеди Иисус посещал в Капернауме ещё один дом – дом Его ближайших апостолов, Иакова и Иоанна Зеведеевых (Мф. 4:21–22; Мк. 1:19–20). В Капернауме и его окрестностях Христос наставлял учеников и народ, рассказывая притчи, вёл беседы (Мф. 9:10–17; 15:1–20; Мк. 2:15–22; 9:33–50; Лк. 5:30–39; 6:17–49; Ин. 6:24–71) и совершил множество чудес: исцелил слугу сотника (Мф. 8:5–10; Лк. 7:1–10), тёщу Петра (Мф. 8:14–15; Мк. 1:29–31; Лк. 4:38–39), расслабленного (Мф. 9:1–8; Мк. 2:2–12; Лк. 5:18–26), кровоточивую женщину (Мф. 9:20–22; Мк. 5:27–34; Лк. 8:43–48), сухорукого и других больных (Мф. 8:16; 28–31; Лк. 4:40; Ин. 4:46–54), изгнал нечистого духа из одержимого (Мф. 9:32–33; Мк. 1:23–28, 32–34; Лк. 4:41), воскресил дочь начальника синагоги Иаира (Мф. 9:23–36; Мк. 5:35–43; Лк. 8:41–56). Некоторые из чудес Христос совершил в капернаумской синагоге (Мк. 1:23–28; 3:1–5; Лк. 4:33–36). В Капернауме Иисус произнёс поучение о подати «царям земным» и «свободе сынов» (Мф. 17:24–27), а возле синагоги проповедовал о хлебе жизни (Ин. 6:32–59). Вместе с Иисусом Капернауме посетили Богородица и Его братья (Мк. 3:31; Ин. 2:12). Но несмотря на совершённые в Капернауме чудеса, поучения и обличения, жители Капернаума не раскаялись и не уверовали. И тогда было произнесено грозное решение суда Божия: «И ты, Капернаум, до неба вознесшийся, до ада низвергнешься...» (Мф. 11:23; Лк. 10:15). В Капернауме упоминаются податный стан («мытница»), где собирались налоги особыми откупщиками («мытарями») взамен отдаваемых ими римскому правительству ежегодных платежей, и таможенная застава для взимания пошлин с торговых караванов (ср.: Мф. 9:9; Мк. 2:14–15; Лк. 5:27). В конце I в. н.э. Капернаум упоминается в сочинениях Иосифа Флавия. Жители Капернаума, не принимавшие активного участия в первой иудейской войне, позволили, однако, укрыться здесь отряду Иосифа, пострадавшему в боях с войсками Агриппы II. Иосиф лечился в Капернауме после полученных в битве при Вифсаиде ранений. В описании природы западного района Галилейского моря Иосиф упоминает Капернаум в качестве названия источника воды. Наиболее раннее сообщение о Капернауме в христианской паломнической литературе содержится в рассказе о его посещении испанской паломницей конца IV в. Эгерии; сохранился в изложении средневекового монаха Петра Диакона (XII в.). «В Капернауме же из дома первоверховника апостолов сделана церковь; тут стены стоят и поныне, как были (по мнению исследователей, имеются в виду стены дома апостола Петра). Тут Господь исцелил расслабленного, тут и синагога, в которой Господь исцелил бесноватого; на неё поднимаются по большому числу ступеней…». Однако выделить те описания, которые принадлежат собственно Эгерии, в этом повествовании исследователям довольно сложно. Позднее христианский паломник Аркульф, посетивший Капернаум около 670 или 685 г., описывал его как не защищённую стенами деревню, простиравшуюся до побережья озера с востока и до ближайших холмов с остальных сторон. В 724 г. в том же направлении (с юга вдоль берега озера) путешествовал Виллибальд, который также оставил путевые заметки. Согласно Епифанию Кипрскому, до IV в. Капернаум был населён только евреями, которые нетерпимо относились к самаритянам, язычникам и христианам в своей среде.