«Обычай, запрещающий людям какой-либо другой расы жить среди них, особенно строго соблюдается в Тивериаде, в Диокесарии (т.е. в Сепфорисе), в Назарете и в Капернауме». Однако в мидраше Кохелет Рабба, как полагают исследователи, сообщается о появлении христиан в Капернауме уже во II в. Здесь говорится о небольшой группе людей, которая занималась магией (миним). Описывается случай с Ханиной, племянником раввина Йехошуа (начало II в.). На него было наложено заклятие, а «миним» (точное значение слова «миним» остаётся предметом споров) в Капернауме его заставили проехать верхом на осле по городу в субботу. Хотя дядя и смог снять с него заклятие, Ханине пришлось покинуть Палестину и провести остаток жизни в вавилонском изгнании. Данный рассказ может отражать иудейский взгляд на факт обращения молодого человека в христианство или в одну из раннехристианских ересей, от чего его попытался спасти дядя, выслав за пределы страны. О том, что в Капернауме к началу IV в. была христианская община, может свидетельствовать также то, что раввин Исси из Кесарии (конец III в.) проклинал «сынов Кефар-Наума» как вероотступников. В византийский период иудеи жили в городе, о чём, например, свидетельствует датируемая VI в. мозаичная надпись, открытая в синагоге в Хаммат-Гадере. В ней упоминается ктитор Иосси бар Дости из Капернаума. Большинство населения было христианским. С VIII в. (с начала правления Аббасидов) Капернаум в источниках исследователи не встречают, но поселение не было заброшено. Бурхард Сионский в «Описании Святой земли» (1283 г.) упоминает о бедной рыбацкой деревне на месте некогда процветающего города, в которой осталось семь домов в полном запустении. В 1335 г. Якопо да Верона писал, что в Капернауме поселились сарацины. Игумен Даниил (вторая половина ХI – первая половина ХII вв.) отметил, что «ныне же город этот пуст»; в его тексте содержится предание, что из Капернаума ожидался приход антихриста. «Вот из-за этого фряги и опустошили ныне весь этот город Капернаум»,– заканчивает он рассказ. В конце XIX в. древний Капернаум идентифицировали, в основном, с развалинами Хан-Минья на северо-западном берегу Галилейского моря и с арабским местечком Телль-Хум (севернее Хан-Миньи). Однако против идентификации Капернаума с руинами Хан-Миньи свидетельствовали уже рассказы древних паломников: диакон Феодосия (около 530 г.), описавшего маршрут от Тивериады до Магдалы к семи источникам (Табге) и от семи источников до Капернаума, и Аркульфа (конец VII в.), который видел Капернаум с горы и утверждал, что к северу от него расположена гора, а к югу – озеро. Раскопки начала XX в. позволили исследователям окончательно идентифицировать Капернаум с арабским Телль-Хумом. Большая часть территории древнего Капернаума была приобретена францисканскими «Хранителями Святой земли», небольшой участок в восточной части города – греческим православным Иерусалимским патриархатом. Крупномасштабные раскопки всей области были проведены во францисканской части между 1968 и 1991 гг. под руководством Вирджилио Канио Корбо и С. Лоффреды. Греческий участок исследовали в 1978–1982 гг. под руководством В. Дзафериса из Департамента древностей Израиля.