Среди тем философии йоги, не связанных с санкхьей, исследователи выделяют те, о которых сообщает Вьяса, цитируя тексты предшествующих авторитетов: «реалистическая» (в средневековом смысле) концепция восприятия как складывающаяся из перцепции родовых качеств объекта и его специфических характеристик, а также типологизация причинности: различаются причины возникновения, устойчивости, проявленности объекта, достижения результата, разъединения, трансформации и стабильности. Сам же Вьяса обнаруживает интерес к лингвофилософской проблематике, к которой санкхьяики были совершенно безразличны. Выясняя, каким способом соотносятся означаемое (Ишвара) и означающее (слог Ом), Вьяса настаивает на том, что их связь является «неизменной» (здесь он близок к философии мимансы), но не отрицает и соглашения, ссылаясь на тех «знатоков», которые считают, что связь между словом и его референтом вечна ввиду вечности самого соглашения, а Вачаспати Мишра уточняет его мысль, сообщая, что инициатором этого «вечного соглашения» выступает сам Ишвара, который становится, таким образом, и установителем имён. У Вачаспати Мишры философский теизм классической йоги как таковой, дистанцировавший её от санкхьи, приобретает логическую систематизацию. Помимо разъяснения положений своего предшественника он предлагает ряд уточнений, которые существенно расширяют аргументацию Вьясы. Прежде всего, он вводит положение об Ишваре как об «особом пуруше» в более общие онтологические параметры, а именно он акцентирует тот момент, что Ишвара не является субстанцией, отличной по родовым признакам от духовного субъекта, но обнаруживает видовые отличия в рамках класса пуруш. Далее он определяет, в чём заключается само «владычество» Ишвары, и оказывается, что в «изобилии» знания, действия и способностей. Ишвара должен быть признан составителем и Вед, и Аюрведы, ибо человеческого знания не хватило бы на то, чтобы соответствующим образом и за тысячелетие правильно сочетать ведийские слоги и рекомендуемые медицинской наукой целительные травы. Единодержавие божества он объясняет социально-политическими аналогиями: Ишваре подобает высшая форма правления в мире – монархическая, т.к. при «совместном правлении» многих божеств получилось бы уже «собрание», без централизации власти. Как и подобало философу его ранга, Вачаспати Мишра ответил и на возможный вопрос потенциального оппонента: почему бы не допустить очерёдность в этом правлении многих богов? Потому что подобное допущение было бы примером «усложнения в рассуждении» в сравнении с признанием единовластия. Он также предложил развёрнутое обоснование идеи возможности высшего всеведения божества. Что же касается альтруистичности Ишвары, которую отрицали индийские антитеисты (прежде всего, буддисты), то здесь Вачаспати Мишра предложил «диалектический» ответ. С одной стороны, Ишвара заставляет живые существа посредством «объективно накопленных» ими дхармы и адхармы переживать радость и страдания, с другой – он не предоставляет их заслуженной ими судьбе, предлагая им инструкции, как действовать и как жить. Все три основных культовых направления индуизма осваивали йоги, а в некоторых текстах предпринимались попытки осмысления значения самого термина.