Уже в ранней из «средних Упанишад» – «Катха-упанишаде» (около V – IV вв. до н.э.) – сразу после изложения иерархии начал индивида упоминается и йогическая практика, которая трактуется как контроль над органами восприятия и действия, ведущий к «успокоению ума». В «Шветашватара-упанишаде» (около IV – III вв. до н.э.) элементы йогического самоконтроля также вписаны в контекст «исчислений» начал микро- и макрокосма, которые типичны для санкхьи, а божественное начало характеризуется как «достижимое через санкхью и йогу». Те же связи просматриваются в более поздней «Майтри-упанишаде» и в дидактических разделах «Махабхараты». В «Бхагавадгите» истинно видящим объявляется тот, кто видит, что санкхья и йога – одно; её составитель предпочитает йогу санкхье только потому, что она менее трудоёмкая. В «Мокшадхарме» подчёркивается, что нет знания, равного санкхье, и силы, равной йоге, и что «просветлённым» является тот, кто видит, что санкхья и йога едины. При этом их единство объясняется тем, что и одна и другая ведут адепта к освобождению от смерти. Соположение санкхьи и йоги в «Мокшадхарме» исследователи готовы объяснить, скорее всего, тем, что во второй половине I тыс. до н.э. существовало множество близких между собой учительских школ. Одни учителя преподавали «исчисления» начал мира по санкхье под углом зрения её философского дуализма – противополагания духовного субъекта (Атман, пуруша) внешнему миру и внутреннему миру индивида, с которыми он себя ложно отождествляет (в этом причина страданий и перевоплощений) и с которыми он должен себя «растождествлять» через сведение их к иноприродным ему динамическим элементам, устанавливаемым как раз через эти их «исчисления» (санкхья происходит от слова «число»); другие учили актуализации этих «освободительных исчислений» в контроле над функциями сенсорно-ментальных способностей индивида (как иноприродных «чистому духу») и в медитативной практике йоги. При этом учительские традиции санкхья-йоги различались не только по деталям «калькуляции начал» (сохранились списки 17, 20, 27, 30, но преимущественно 25 начал, включая пурушу), но и по cтратегии «установления Атмана в его природе». Так, Вьяса в «Йогасутра-бхашье» сопоставляет мнения древних авторитетов по важнейшему для йоги вопросу, как подчинять функционирование чувств (индрий) задачам «освобождения Атмана», и приводит четыре основных мнения: устранять их «склонности» к своим объектам, различать среди этих «склонностей» допустимые и недопустимые (с тем, чтобы контролировать только вторые); дать индриям «наиграться вволю» (с тем, чтобы добиться их пресыщенности объектами); подавлять не само функционирование индрий, но только алчность и отвращение, возникающие вследствие их контактов с объектами; не бороться с индриями, но достичь направленности ума на один объект, после чего рассеянность чувств «растворится» сама собой сразу или через незначительное время. Последнее мнение (с ним, по мнению исследователей, солидаризируется и Вьяса) принадлежало учителю санкхья-йоги Джайгишавье, и это подтверждается пассажем «Мокшадхармы», который посвящён учительской традиции Аситы-Джайгишавьи.