В 1979 и 1995 гг. в патриаршем соборе Светицховели Илия II совершил чин освящения св. мира. Стали традиционными крестные ходы по местам, где осуществляли миссию просветители Грузии – апостол Андрей Первозванный (от Аджарии до Мцхеты) и равноапостольная Ника (от озера Паравани до Мцхеты). 14 октября 2002 г. в Светицховели Президент Грузии Эдуард Шеварднадзе и Илия II подписали конкордат – Конституционное соглашение ГПЦ с государством, второй по значению после Конституции Грузии закон страны, регулирующий отношения церкви и государства. Весьма значительным событием, которое произошло за период патриаршего служения Илии II, стало приуроченное к 2000-летию Рождества Христова возведение в Тбилиси на народные пожертвования и средства меценатов нового патриаршего кафедрального собора – лавры Самеба (Святой Троицы; 1995–2004 гг.). Этот наиболее крупный собор в Грузии и один из самых больших в православном мире (77х65 кв. м, высота 68 м) имеет 11 престолов. На торжественной литургии после освящения собора (23 ноября 2004 г.) Илии II сослужили архиереи и клирики Константинопольской, Александрийской, Антиохийской, Русской, Сербской, Румынской, Кипрской, Элладской, Польской, Албанской православных церквей, а также православной церкви в Америке. Илия II назвал Самеба «автопортретом грузинского народа». 8 февраля 2005 г., в день почитания царя Давида IV Строителя, Илия II учредил Международный благотворительный фонд католикоса-патриарха Грузии «Возрождение и развитие духовности, культуры и науки». При нём в 2006 г. был основан Международный центр грузинской церковной музыки и народной песни. Одним из основных направлений своей деятельности фонд католикоса-патриарха определил поддержку внедрения превентивных мер в борьбе против наркомании. Особое внимание Илия II уделяет вопросам милосердия. Он издал указ, в котором призвал верующих посвящать каждую субботу ближнему: посещать больных, заключённых, обездоленных и по возможности словом или делом оказывать им помощь. В апреле 1990 г. Илия II направил письменное обращение Президенту СССР Михаилу Сергеевичу Горбачёву с призывом отменить смертную казнь и заменить её иным наказанием, проявить милосердие к осознавшим свои ошибки, покаявшимся и готовым к исправлению. Илия II регулярно посещает места лишения свободы, встречается и беседует с заключёнными. Почти во всех местах заключения в Грузии устроены молитвенные комнаты или уголки; по просьбе узников и с их помощью строятся храмы. Особый интерес к вере проявляют несовершеннолетние заключённые. По настоянию Илии II в последнее время духовным лицам разрешено не только навещать заключённых, но и ходатайствовать об их помиловании, что дало возможность католикосу-патриарху и в целом ГПЦ предоставить свободу сотням заключённых; такие освобождённые ведут христианский образ жизни, регулярно причащаются и не замечены в совершении тяжких преступлений.