По благословению Илии II в 2002 г. в Грузии был восстановлен институт полковых священников, что, по мнению католикоса-патриарха, «в значительной степени будет способствовать духовному возвышению военнослужащих». Илия II проявляет особую опеку по отношению к лишённым родительской заботы детям и не имеющим пристанища пожилым людям. В 1990 гг. монахини искали на улицах детей, лишившихся родителей в годы гражданской войны в Грузии. Сироты находили приют в тбилисском Преображенском женском монастыре. Позже был открыт детский дом ГПЦ при монастыре Дзегви. Церковь следит за судьбой сирот даже после их выпуска из детского дома. Патриаршие детские дома были открыты в Ахалкалаки, Батуми, Бедиани, Сачхере, Сурами. Также были основаны бесплатные столовые для всех нуждающихся, независимо от их национальности и вероисповедания. Под эгидой ГПЦ созданы объединения матерей, потерявших детей; члены таких семей духовно и материально поддерживают друг друга, что позволило многим из них выйти из кризиса и начать новую жизнь. Илия II всегда находится в эпицентре всех происходящих в стране событий. 9 апреля 1989 г., во время массового митинга в Тбилиси на проспекте Руставели перед зданием Правительства Грузинской ССР (ныне парламента), где звучали призывы к выходу Грузии из состава СССР, Илия II, обеспокоенный тем, что к проспекту стягивались советские военные части, в 3 часа ночи вышел к митингующим и призвал народ к умиротворению, настаивая на том, чтобы демонстранты пошли вместе с ним молиться в находящуюся рядом церковь Квашвети. Однако большинство участников митинга не вняли его словам; в результате столкновения с военными частями погибли 19 человек. Личность Илии II и его участие в событиях сыграли значительную роль в преодолении грузинским народом боли трагедии 9 апреля, объявленного в Грузии Днём скорби, и последующих дней. В декабре 1991 г. – январе 1992 г. в стране вспыхнула гражданская война. Илия II старался примирить враждующие стороны, дал согласие на проведение в патриархии переговоров между ними. Встречи имели определённый результат, хотя избежать столкновения всё же не удалось. Этот тяжёлый для Грузии период этноконфликтов привёл к разрушениям, жертвам и прекращению многолетних связей между грузинами и абхазами и грузинами и осетинами, а также к военным действиям между Грузией и Россией в августе 2008 г. Однако, несмотря на это, ГПЦ и РПЦ сохранили дружественные отношения, таким образом показав мировой общественности, что именно православие является той основой, на которой возможно будущее мирное сосуществование двух соседних суверенных государств. При содействии Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и председателя ОВЦС РПЦ митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла (Гундяева; ныне Патриарх Московский и всея Руси) Илия II смог вывезти тела погибших из зоны конфликта (Цхинвальский район), дав возможность родным похоронить их по православному обычаю.