В Грузии действовали пять монастырей (не все были зарегистрированы Отделом по делам религий): Бетаниа (мужской), Самтавро, Ольгинский, Джикети, Теклати (женские). Илия II писал Председателю Правительства Грузинской ССР: «Непонятно, почему не было принято во внимание то, что монастырь Шиомгвиме является действующим, у которого есть настоятель, и там не прекращалось богослужение? Ставится вопрос, причём в грузинском монастыре орган? Рассмотрим положение и других церквей: в Метехском храме, где погребена св. вмц. Шушаник (V в.), – молодёжный театр, проводятся спектакли с танцами; в великолепном Пицундском храме, где была кафедра Католикоса-Патриарха в Западной Грузии, находится орган и проводятся концерты, церковь святителя Николая в Тбилиси превращена также в концертный зал, в Анчисхатской Патриаршей церкви – мастерская, в церкви Богородицы в Надзаладеви – баня, в Цхнетской церкви – пекарня. В городах и районах Грузии множество церквей и монастырей превращены в склады, в места общественных развлечений и отдыха». Уполномоченный Совета по делам религий Г. Майсурадзе в отчёте от 9 ноября 1987 г. вновь указывал, что ГПЦ особое влияние оказывает на молодёжь, чему причиной «приход молодого, энергичного, более образованного, умного и гибкого Ильи II». Г. Майсурадзе также отмечал, что, несмотря на ограниченные возможности ГПЦ издавать церковную литературу, «эта ситуация используется рационально... основным ориентирующим средством для верующих является настольный календарь в объёме 25–27 печатных листов». Вскоре стал выходить «Богословский сборник». С 1990 г. издаётся церковная газета «Мадли» («Благодать»), с 1999 г. – газета «Сапатриаркос Уцкебани» («Ведомости Патриархии»). Под эгидой Издательского отдела Грузинской патриархии стали выходить научные труды и учебники, богословская литература, издаются оригинальные памятники древнегрузинской церковной литературы и переводные произведения. В 1985 г. Илия II добился разрешения Совета по делам религий на издание Библии в переводе на современный грузинский язык. Библия была издана в 1989 г., 26–30 июня в Тбилиси прошёл научный симпозиум, посвящённый проблемам перевода Библии, в котором участвовали представители Болгарской, Польской, Финляндской, Элладской Поместных церквей, учёные из институтов перевода Библии (Швеция, Великобритания) и Библейских обществ (Франция, Греция, ФРГ, США). Изменение политического курса СССР в 1988 г. сказалось и на положении ГПЦ. За этот год были открыты 45 церквей. На территории Азербайджанской ССР в юрисдикции ГПЦ в церкви в городе Кахи служили два священника и псаломщик, на территории Армянской ССР были восстановлены две церкви, где служили два священника. В том же году открылась Тбилисская духовная академия, в этом поддержку Илии II оказал уполномоченный по делам религий А. Циклаури.