Илия II активно участвовал в ведении переговоров и процедуре освобождения военнопленных. Особое внимание Илия II уделяет вопросу исправления демографической ситуации в Грузии. Католикос-Патриарх обратился к жителям Грузии с новой инициативой: «В случае желания родителей крестным отцом каждого третьего ребёнка любой семьи, независимо от их этнической принадлежности, станет лично Католикос-Патриарх». Первое такое крещение прошло 19 января 2008 г. в Самеба. Илия II имеет уже 3,7 тыс. крестников. Увеличение числа регистрируемых браков и рождаемости в Грузии, которое наблюдается за последние два года, специалисты квалифицируют как демографический бум, основным фактором которого они называют именно инициативу Илии II. По состоянию на конец 2009 г. усилиями Илии II остав высшего клира ГПЦ увеличился до 39 архиереев; в юрисдикцию церкви входит столько же епархий. Пять из учреждённых при Илии II епархий восстановлены на исторических территориях Грузии (Лазети, Тао-Кларджети, Эрети, Ташири), принадлежащих ныне Армении, Азербайджану и Турции: это Ахалцихско-Тао-Кларджетская, Батумо-Лазская, Дманисско-Агарак-Таширская, Дедоплисцкаройско-Некресская и Эретская епархии. 17 октября 2002 г. для приходов Западной Европы была учреждена Западноевропейская епархия. В предстоятельство Илии II были открыты свыше 1,5 тыс. церквей и 170 монастырей, где служат 3,2 тыс. духовных лиц. Политика Илии II в первые годы патриаршества была, прежде всего, направлена на решение вопроса о признании автокефалии ГПЦ Константинопольским патриархатом и другими поместными православными церквами. 4 марта 1990 г., в день празднования Торжества Православия, Константинопольский патриарх Димитрий I (Пападопулос) передал Илии II грамоту, удостоверяющую «издревле существующее независимое управление Грузинской Церкви и исторический и традиционно подтверждённый древними грамотами Патриарший титул грузинского Первоиерарха... как архиепископа Мцхетского и Тбилисского, Католикоса-Патриарха всей Грузии». Было определено место ГПЦ в диптихе: 11-е после Болгарской православной церкви (БПЦ); в диптихе РПЦ и большинства других поместных православных церквей – шестое после РПЦ. Большое внимание Илия II уделяет восстановлению отношений с зарубежными монастырями, в своё время принадлежавшими ГПЦ, в особенности с Иверским монастырём (Ивироном) на Афоне и с Крестовым монастырём в Иерусалиме. Католикос-Патриарх всегда проявляет заботу по отношению к грузинам, проживающим за рубежом; всячески старается укрепить в них национальные чувства и поддержать стремление возвратиться на родину, чему также способствуют грузинские священники, служащие в грузинских общинах за рубежом.