8 февраля 1978 г. на заседании Священного Синода ГПЦ было принято решение о создании Издательского отдела патриархии и выпуске официального периодического печатного органа ГПЦ. 23 марта 1978 г. на заседании Совета по делам религий было разрешено издание церковного календаря в двух видах: стенного листового и складывающегося карманного общим тиражом 5 тыс. экз. С 1979 г. тиражом 1 тыс. экз. стал выходить журнал «Джвари Вазиса» («Крест виноградной лозы»). При Тбилисском Сиони была открыта воскресная школа, при которой на добровольных началах проводились занятия в группах по обучению церковному чтению, клиросному пению, рукоделию. Представители молодёжи, несмотря на давление со стороны властей, грозивших исключением из университета и увольнением с работы, бесплатно исполняли послушания чтецов, иподиаконов, преподавателей, переписчиков, уборщиков и др. Популярность Илии II среди верующих и уважение к нему привлекали даже членов семейств высокопоставленных грузинских партийных работников, которые стали тайно посещать Сиони. Значительно возросла численность верующих и в других церквах: например, в сухумский кафедральный собор на Пасху 1978 г. (29 апреля) пришли 5 тыс. человек, в то время как в предыдущие годы на службе было не более 1,5 тыс. верующих. Светские власти не оставили без внимания происходившие в ГПЦ изменения: в отчёте уполномоченного Совета по делам религий по Грузинской ССР Тенгиза Онопришвили за 1979 г. выражена крайняя обеспокоенность активными действиями первоиерарха, укреплявшего епископат ГПЦ и привлекавшего к священнослужению новые кадры. В документе особо отмечалось, что в отчётном году был впервые укомплектован первый курс Мцхетской духовной семинарии (16 очников и семь заочников), на втором обучались восемь, на третьем – пять студентов; ГПЦ направила семинаристов на обучение в Московскую духовную семинарию и Московскую духовную академию, в Ленинградскую духовную семинарию, на богословский факультет Афинского университета. Илии II настоятельно рекомендовали снизить число проводимых им богослужений и произносимых проповедей; Т. Онопришвили был освобождён от занимаемой должности по причине «неудовлетворительной работы». В течение двух лет патриаршества Илия II рукоположил 34 священнослужителя, несмотря на то что выбор духовного поприща в то время считался унизительным. Он продолжал ходатайствовать о регистрации фактически действовавших церквей и монастырей и об открытии храмов, здания которых были заняты советской инфраструктурой. В 1980 г. направил в Совет по делам религий ходатайство об открытии наиболее значительных для ГПЦ духовных центров: тбилисских церквей святителя Николая, великомученика Георгия, Джварисмама, Болниси, Метехи, Анчисхати, монастыря Лурджи и др., кафоликонов монастырей Кватахеви, Шемокмеди, Шиомгвиме, Зарзма, Сапара, Гелати, Икалто, Мартвили, Давидгареджийского, храмов Ананури, Цаиши, Греми, Эртацминда, Самтависи, Кинцвиси, Цроми, Баракони, Болнисского Сиона, Атени Сиони, в Зугдиди и др.