1 сентября 1967 г. Илия был переведён в Сухумско-Абхазскую епархию. В знак уважения к прихожанам, представителям различных наций, Илия во время богослужения совершал возгласы на грузинском, церковнославянском, абхазском и греческом языках. С 1964 по 1977 гг. Илия возглавлял Отделу внешних церковных сношений ГПЦ, уделял особое внимание вопросу признания в православном мире восстановленной в 1917 г. автокефалии ГПЦ. Несмотря на то, что в 1943 г. автокефалию признала РПЦ, остальные поместные церкви по-прежнему рассматривали ГПЦ на правах автономной. В 1964 г. Илия принял участие в третьем Всеправославном совещании на острове Родос (1–15 ноября), где, приведя доказательства в пользу исторической обоснованности автокефалии ГПЦ, поставил перед Константинопольским патриархатом вопрос о признании этого факта на международном уровне и об определении места в диптихе, соответствующего положению церкви. Не достигнув взаимопонимания с участниками совещания, Илия в знак протеста оставил заседание. Он высоко ценил роль подвизавшихся на Афоне грузинских монахов в развитии национального самосознания и культуры, поэтому первая его печатная публикация (1966 г.) была посвящена одному из наиболее значимых святых ГПЦ – подвижнику и переводчику на грузинский язык Священного Писания и святоотеческой литературы Георгию Мтацминдели (Афонскому). Особое внимание уделял также работе по защите прав человека. Личность Илии, его вера, преданность церкви, богословское образование и широкий кругозор вызывали всеобщее уважение и на родине, и за рубежом. 28 июня – 4 июля 1970 г. в Женеве на заседании комиссии «Церковь и общество» Всемирного Совета Церквей (ВСЦ), членом которого ГПЦ стала в 1967 г., Илия призвал участников конференции осудить неприемлемые для человечества биологические эксперименты и с осторожностью отнестись к технологическим успехам, ибо «нецелевое использование научно-технического прогресса принесёт большой вред». Он принимал участие во многих международных форумах в Чехословакии, США и Греции, в заседаниях Богословской комиссии при Христианской мирной конференции (ХМК) в Амстердаме (1974 г.) и в Бухаресте (1975 г.). В 1976 г. находился с официальным визитом в Индии, встречался с президентом страны Фахруддином Али Ахмедом и премьер-министром Индирой Ганди, а также принял участие в заседании Богословской комиссии ХМК в Бангалоре, где были затронуты вопросы прав личности. В 1977 г. Илия в составе делегации ГПЦ участвовал в работе Всемирной конференции «Религиозные деятели за прочный мир, разоружение и справедливые отношения между народами» (Москва).