Мцхетская духовная семинария была перенесена в Тбилиси и находилась в одном здании с духовной академией. В речи на торжественной церемонии открытия академии 1 октября Илия II отметил, что «в академии не только будут воспитываться образованные духовные лица, но это учебное заведение должно превратиться в центр научных исследований, с которым будут связаны как духовные лица, так и учёные, мы будем сотрудничать с другими высшими учебными заведениями, а также с православными христианскими учебными центрами». В 1994 г. при Тбилисской духовной академии начал функционировать Богословский институт. Обучение в институте проводится на трёх факультетах: психологии и религиоведения, искусствоведения и педагогики, иконописи и реставрации. 25 мая 1995 г. в Кутаиси возобновила работу Гелатская академия, основанная царём Давидом IV Строителем при монастыре Гелати и широко известная ещё в Средневековье. Членами новой академии стали видные грузинские учёные. Духовные учебные заведения открылись в Кутаиси, Ахалцихе, Батуми (духовная семинария); в Поти, Кварели, Кобулети, Гори, Зугдиди, Цхалтубо (духовные гимназии). В 2007–2008 гг. при Грузинской патриархии начали работу курсы сестёр милосердия, высшее музыкальное училище для регентов церковных хоров, колледж экологии и озеленения, курсы пчеловодства, школы иконописи, перегородчатой эмали, резьбы по камню и дереву, рукоделия. В 2008 г. при Грузинской патриархии был основан светский Грузинский университет имени апостола Андрея Первозванного. С 1999 г. радиостанция патриархии Грузии «Иверия» ведёт передачи на все крупные города страны, которые также транслируются по спутнику и Интернету. В 2007 г. патриархия приступила к вещанию на собственном телеканале «Иверия» (с 2009 г. – «Эртсуловнеба»; «Единодушие»). По инициативе Илии II в годы его предстоятельства были канонизированы многие святые, прославившиеся как в древности, так и в XIX–XX вв., среди них – Илия Чавчавадзе, католикос-патриарх Грузии Амвросий (Хелая), Назарий (Лежава) и пострадавшие с ним, святители Гавриил (Кикодзе) и Александр (Окропиридзе), Григорий (Перадзе), Алексий (Шушания), Феодор Квелтели, родители равноапостольной Нины преподобные Завулон и Сосанна, Цотне Дадиани, Кирион III (Садзаглишвили), Зосим Кумурдойский, Феодор Ачарели, Иларион Грузин (Канчавели), Кларджетские преподобные отцы и жёны, праведные Тбели Абусердидзе и Евфимий Такаишвили, Лазские мученики, Евфимий (Кереселидзе), Бетанийские преподобные Иоанн (Майсурадзе) и Иоанн-Георгий (Мхеидзе), Георгий Чкондидели, митрополиты Досифей (Церетели) и Евфимий (Шервашидзе), Димитрий Кипиани, Соломон II, царь Вахтанг III и др.