Однако грех Иларион понимал не в традиционном для православия смысле: не как преступление против Бога, но как рану, наносимую человеком самому себе, как «несчастье человека», которое достойно сострадания. Целью домостроительства Иисуса Христа было исцеление и обновление человеческой природы. Основными вехами домостроительства спасения Иларион считал «воплощение, воссоздание, обожение, нетление и блаженство» и полагал, что «в пределах этих понятий движется православное учение о спасении». В статье «Вифлеем и Голгофа» он привёл схему, в которой попытался связать важнейшие моменты домостроительства Христова (воплощение, крестные страдания, смерть, воскресение, вознесение) и представить жизнь Господа как единое дело спасения. В воплощении Сына Божия соединились божественное и человеческое естества, и таким образом осуществилось обновление человека, его обожение. На кресте, по Илариону, произошёл «перелом и сознания и воли грешного человечества», которая отныне обращена к Богу. Христос сломил Свою человеческую волю, которая трепетала креста. У Илариона нет однозначного ответа на вопрос, что означает это «сламливание». По мнению протоиерея Петра Гнедича, здесь сказалось влияние на Илариона нравственной теории искупления митрополита Антония (Храповицкого). Умерев, Христос пронёс воспринятую человеческую природу «через врата смерти и гроба, не увидав тления». Его воскресением смерть и тление были побеждены. Вознёсшись, Христос «посадил наше естество одесную Божественной славы». Каждый человек в силу причастности к роду человеческому может вкусить спасительных плодов, если приобщится к Телу Христову через церковь. Как считал Иларион, «процесс постепенного преображения естества человеческого… начался с воплощения Сына Божия, а продолжение и завершение этого процесса – в жизни церковной». В таком виде учение о спасении представлялось Илариону «последовательным и связным, чуждым наёмническо-торгашеского духа католической догматики и протестантского мудрования». Особое внимание в изложении учения о спасении Иларион уделял воплощению Христову. По его словам, в начале XX в. христиане остро нуждались в проповеди боговоплощения как свидетельства о Божестве Христа. Он отмечал, что для современного ему религиозного сознания «особенно характерно то, что оно желает быть христианским без Христа, Сына Божия». Свидетельство о Христе как Боге необходимо, чтобы сдержать процесс секуляризации христианства, сведения его к моральной системе. «Люди всё больше и больше забывают домостроительство воплощения, не веруют в него, без него обойтись желают, Сына Божия воплотившегося в своих верованиях подменяют великим человеком, великим учителем, Иисусом из Назарета».