В случае срыва сроков представителей местных властей привлекали к ответственности. Для предотвращения возможных народных выступлений предполагалось привести в полную боевую готовность воинские части. В храмах должны были изыматься все без исключения ценности; замена церковных предметов драгоценными металлами (ранее возможная по инструкции ВЦИК) не разрешалась; при неполном изъятии должны были проводиться повторные конфискации. Центральная КИЦЦ рекомендовала избегать при проведении изъятий явных кощунств и варварского отношения к святыням, что в значительной степени было связано с заинтересованностью в сохранении изымаемых священных предметов для последующей продажи за границей. Тем не менее, в большинстве случаев церковные предметы, часто высокой художественной ценности, во время конфискации превращались в лом драгоценного металла. Попытки музейных отделов помешать уничтожению произведений церковного искусства воспринимались как скрытая агитация против проведения изъятия и нередко карались наравне с открытым сопротивлением. Так, в Астрахани был привлечён к суду представитель Главмузея Алексей Афанасьевич Дмитриевский, подавший в губКИЦЦ протест против изъятия предметов церковной утвари XVII–XVIII вв., имевших большую историческую и художественную ценность. Главный удар ГПУ был направлен, прежде всего, против представителей церковной власти. В конце марта в Москве по обвинению в организации противодействия декрету об изъятия церковных ценностей были заключены в тюрьму архиепископ Никандр (Феноменов), митрополит Серафим (Чичагов) и епископ Иларион (Троицкий; впоследствии архиепископ), почти все члены Высшего церковного управления и Московского епархиального совета, наиболее влиятельные иереи и руководители органов приходского управления. Аресты проводились с целью обезглавить церковь, дезорганизовать крупнейшие московские приходы. 28 марта на допрос в ОГПУ был вызван патриарх Тихон. Он взял на себя всю ответственность за составление воззвания в связи с декретом об изъятия церковных ценностей. По заявлению патриарха, его послание содержало не призыв к насилию, а лишь оценку действий властей. Чтобы предотвратить возможные инциденты, 9 апреля 1922 г. патриарх Тихон обратился к епархиальным архиереям с посланием, в котором выразил обеспокоенность тем, что при проведении изъятия ценностей в ряде случаев прихожане, «побуждаемые, несомненно, ревностью о храме Божием, но ревностью неправильно понимаемою», совершали активные противодействия властям, что приводило к кровопролитию. Осуждая подобные действия, патриарх призывал архиереев дать пастве необходимые наставления.