В ряде мест противостояние верующих представителям властей приобретало жёсткий характер. В Калужской и Тамбовской губерниях отмечались случаи, когда крестьяне прогоняли прибывшие для изъятия ценностей комиссии; в деревни высылались карательные военные отряды. В Калуге прошла трёхдневная забастовка рабочих, возмущённых разорением церквей. В Смоленске верующие не пропустили в кафедральный собор членов Комиссии по описи церковного имущества. В Ростове-на-Дону при попытках проникновения в церковь представители власти были избиты толпой, в результате чего комиссия приняла решение «временно прекратить работы по изъятию и все силы бросить на проведение агитационной кампании». Во Владимире верующие, несмотря на вмешательство милиции, воспрепятствовали разорению Успенского собора. Стихийное выступление прихожан остановило изъятие ценностей из собора в Старой Руссе; в Петрограде членов Комиссии по изъятию ценностей не допустили в Казанский и Троицкий соборы; людей, защищавших Спасскую церковь на Сенной площади, разогнал конный отряд. Наибольшую известность получили события в городе Шуе Иваново-Вознесенской губернии. 15 марта 1922 г. собравшиеся по набату у шуйского Воскресенского храма несколько тыс. верующих пытались воспрепятствовать изъятию и даже разоружили часть красноармейцев. Войска открыли по людям пулемётный огонь – 4 человека были убиты, десятки ранены. Ход кампании по изъятию ценностей становился предметом обсуждения на каждом заседании Политбюро. Высшие чины ГПУ, осуществлявшего координацию силовых акций против церкви, требовали жёстких мер по отношению к верующим. Наиболее последовательную антицерковную позицию занимал Л.Д. Троцкий, поддерживаемый В.И. Лениным и И.В. Сталиным. М.И. Калинин, предлагавший не отходить от официально заявленной цели кампании – помощи голодающим, а также выступавшие с отдельными возражениями из опасений массовых беспорядков Вячеслав Михайлович Молотов, Лев Борисович Каменев и Григорий Евсеевич Зиновьев обычно были вынуждены подчиняться мнению более влиятельных членов Политбюро. Одной из важнейших задач, поставленных Л.Д. Троцким для осуществления антицерковной кампании, стала организация в масштабах всей страны особого механизма для изъятия церковных ценностей, поскольку возглавляемый М.И. Калининым ЦК Помгола не вызывал у него доверия. Используя недовольство партийного руководства неудачным началом кампании по изъятию ценностей, Л.Д. Троцкий выступил с обвинениями в адрес Президиума ВЦИК в связи с «явно обнаруженной ныне несостоятельностью постановки дела» из-за преждевременности, на его взгляд, декрета об изъятии, который «был издан и опубликован совершенно независимо от хода подготовки и оказался холостым выстрелом».