Ответом на сопротивление стали масштабные репрессии, с помощью которых предполагалось осуществить, по словам В.И. Ленина, «с максимальной быстротой и беспощадностью подавление реакционного духовенства». Согласно предложенному плану, в Шуе должны были пройти массовые аресты среди духовенства и горожан. Процесс по этому делу предполагалось провести с максимальной быстротой и закончить «расстрелом очень большого числа самых влиятельных и опасных черносотенцев г. Шуи, а по возможности, также не только этого города, а и Москвы и нескольких других духовных центров». Как писал В.И. Ленин, «чем большее число представителей реакционного духовенства и реакционной буржуазии удастся нам по этому поводу расстрелять, тем лучше». Он считал, что арестовывать патриарха Тихона пока не надо, хотя требовал установить за ним строжайшую слежку. Ещё более жёсткую позицию заняло руководство ГПУ, направившее в Политбюро докладную записку с предложением о немедленном аресте патриарха и членов Синода за «контрреволюционную деятельность». ГПУ отметило существование в церкви противников патриарха, которым его арест даст возможность «избрать на патриарший престол и в синод лиц, настроенных более лояльно к Советской власти». За арест патриарха также высказался Л.Д. Троцкий, предложив, правда, отсрочить его на 10–15 дней. Чуть позже он представил Политбюро развёрнутый план антицерковных действий. Предлагалось для внесения раскола использовать против «правящей части» церкви «лояльное», «соглашательское» духовенство; в дальнейшем Л.Д. Троцкий намечал развернуть кампанию и против «обновлённой церкви», чтобы «превратить её в выкидыш». 20 марта была создана Центральная комиссия по изъятию церковных ценностей (Центральная КИЦЦ). Главой её был назначен М.И. Калинин, но реальной власти он не имел и даже конфликтовал с сотрудниками. Фактическим руководителем КИЦЦ был заместитель наркома внутренних дел Александр Георгиевич Белобородов (бывший председатель Уральского ЦИК, взявший на себя ответственность за принятое в 1918 г. решение о расстреле императорской семьи). Во всех губерниях создавались подчинявшиеся Центральной КИЦЦ местные комиссии (губКИЦЦ), в состав которых в обязательном порядке входили руководители местных органов ГПУ и военных частей. Для сохранения видимости борьбы с голодом также организовывались «официальные» комиссии по изъятию в подчинении ЦК Помгола. Общее руководство антицерковной кампанией продолжало осуществлять Политбюро. Центральная КИЦЦ ужесточила проведение кампании и вела борьбу с любыми попытками местных властей пойти на компромисс с верующими. Были даны указания по скорейшему проведению изъятий из храмов; кампанию планировалось завершить в европейской части страны к 20 мая, в Сибири к 1 июня.