Л.Д. Троцкий предлагал создать для руководства изъятиями ценностей из церквей особую секретную комиссию из членов руководимой им комиссии «по учёту и сосредоточению». Он хотел возглавить обе комиссии; официально вопросами изъятия церковных ценностей должен был заниматься ЦК Помгола. Однако, поскольку ранее по инициативе Л.Д. Троцкого была организована Московская комиссия по изъятию церковных ценностей в том же составе, создание Центральной комиссии встретило в Политбюро возражения. 16 марта Политбюро постановило, что «дело организации изъятия церковных ценностей ещё не подготовлено и требует отсрочки, по крайней мере, в некоторых местах». Происходившее во время изъятий противостояние верующих и представителей официальных органов, и особенно события в Шуе, вызвали растерянность у части партийно-советского руководства. 19 марта в губкомы и обкомы партии была отправлена за подписью В.М. Молотова шифрованная телеграмма от имени ЦК РКП(б), в которой говорилось, что «ввиду имевших место осложнений на почве изъятия ценностей» кампанию следует временно приостановить и сосредоточить все силы на подготовительной и агитационной работе. Однако в тот же день В.И. Ленин обратился к членам Политбюро с письмом, в котором потребовал «произвести изъятие церковных ценностей самым решительным и самым быстрым образом». Он отметил, что отправленная ранее шифротелеграмма может стать неплохой маскировкой истинных намерений партийного руководства. В.И. Ленин писал, что после событий в Шуе настал самый благоприятный момент для удара по церкви, когда можно «99-ю из 100 шансов на полный успех разбить неприятеля наголову и обеспечить за собой необходимые для нас позиции на много десятилетий». За счёт изъятия церковных ценностей предполагалось получить несколько сот миллионов или даже несколько миллиардов золотых рублей, без чего, по словам В.И. Ленина, «никакая государственная работа вообще, никакое хозяйственное строительство, в частности, и никакое отстаивание своей позиции в Генуе, в особенности, совершенно немыслимы». Однако задача получения через конфискацию церковного имущества дополнительных средств на внешнеполитические цели для В.И. Ленина отходила на второй план по сравнению с открывавшимися перспективами сокрушительного удара по церкви. Поскольку кощунственные действия властей вызвали протест со стороны верующих, власти считали себя вправе обвинить церковь в нежелании жертвовать для помощи голодающим ценности и в оказании сопротивления их изъятию.