В ходе второй палестинской интифады, начавшейся в сентябре 2000 г., одним из центров противостояния стал храм Рождества в Вифлееме. Весной 2002 г. израильские войска проводили военные операции в районе Западного берега р. Иордан, южнее Иерусалима, с целью защитить свои поселения на этой территории от атак арабских боевых групп. В Вифлеем и его окрестности были введены израильские войска, которые должны были разоружить формирования палестинской полиции и другие боевые группы. 2 апреля 2002 г. группа палестинцев (полицейские, участники боевых формирований, гражданские лица, в том числе губернатор Вифлеема Мохаммед аль-Мадани; всего около 220 человек из числа мусульман и христиан) забаррикадировались в здании храма Рождества и отказались покинуть его по требованию израильтян. В течение 39 дней продолжалась осада храмового комплекса израильскими войсками с периодическими перестрелками и возобновлением переговоров. Посредниками в разрешении ситуации пытались выступить ИПЦ, латинский Иерусалимский патриархат, представители Кентерберийского архиепископа. 20 апреля ИПЦ обратилась к христианам всего мира с призывом вмешаться в ситуацию противостояния и организовать совместный марш христиан, мусульман и иудеев к храму Рождества, чтобы освободить осаждённых и храм. В начале мая было заключено соглашение израильтян с представителями ООП, и в течение нескольких дней палестинцы сдались на условиях высылки их в различные страны мира. Гражданская война между арабскими партиями ХАМАС и ФАТХ в Газе (февраль 2006 – июнь 2007 гг.) также сопровождалась погромами и убийствами христиан. В Газе были уничтожены почти все книжные магазины, содержавшиеся христианами. В сентябре 2006 г. экстремисты забросали гранатами и обстреляли пять церквей в Газе и на западном берегу Иордана, в том числе два храма ИПЦ. Победившее в войне движение ХАМАС относится к христианам враждебно, в силу того что считает христианство атрибутом западной культуры, которую члены ХАМАС отвергают. Несмотря на трудности современного положения, ИПЦ продолжает активно участвовать в жизни православного мира, в работе Всемирного Совета Церквей, Совета Ближневосточных Церквей, ведёт религиозный диалог со всеми христианами. Межцерковные консультации в Палестине 23 ноября 1994 г. завершились изданием меморандума «Значение Иерусалима для христиан», где ИПЦ выступила совместно с общинами и представительствами всех христианских конфессий Палестины за сохранение святынь, имеющих первостепенное значение для всего христианского мира. Одной из главных проблем для ИПЦ и всех христиан в регионе остаётся сложная демографическая ситуация. В 1947 г. из двух млн. населения Палестины 60% составляли мусульмане, 32% – иудеи и чуть более 7% – христиане (всего 143 тыс. человек). В Трансиордании в тот же период христиане составляли еще до 30% населения. Во второй половине XX – начале XXI в. в условиях нестабильности и этнического противостояния, неоднократно переходившего в открытые войны, христианское население Палестины стремительно сокращается. Христиане подвергаются насилию со стороны как израильских, так и арабских экстремистов. Общая ситуация на оккупированных территориях (недостаток сил охраны порядка и собственности, преступность) способствует обеднению большинства христианских семей, некогда сохранявших сравнительно более высокий уровень жизни и образования среди арабов. Израиль не проявляет заинтересованности в поддержке ИПЦ и других христианских общин на своей территории, видя в них силу, связанную с арабским национальным движением, а также возможную конкуренцию для господствующего в этой стране иудаизма.