В течение десятилетий соперничество русских миссий в Палестине существенно осложняло как их положение, так и взаимоотношения с ИПЦ, поскольку Иерусалимский патриархат должен был поддерживать отношения с обеими организациями, не признававшими друг друга. Пути к разрешению этой проблемы открылись в 2007 г., после заключения соглашения о восстановлении литургического общения РПЦ и РПЦЗ. В 1968 г. патриарх Венедикт (1957–1980 гг.) посетил Москву и участвовал в торжествах в честь 50-летия восстановления патриаршества в России. В 1972 г. Святую землю посетил патриарх Пимен (1971–1990 гг.). В 1981 г., во время визита в СССР, патриарх Диодор был удостоен звания почётного доктора Санкт-Петербургской (Ленинградской) духовной академии. В 2000 г. ему была присуждена премия Российского фонда Андрея Первозванного за выдающийся вклад в дело укрепления православия и развитие связей между братскими православными церквами Святой земли и России. Патриарх Алексий II (1990–2008 гг.) несколько раз посетил святые места: в октябре 1991 г., в ходе первой зарубежной поездки, в 1997 г. на празднование 150-летия РДМ, в 2000 г., когда в Вифлееме отмечалось 2000-летие Рождества Христова. С 1990 гг. активно развивается возрождённая традиция паломничества русских людей в Палестину. Контакты между Россией и ИПЦ расширяются, переходят от официальных связей на уровень общения множества людей, поддерживающих православную культуру Палестины и получающих неоценимый духовный опыт встречи со священными для всех христиан свидетельствами спасения. Спор между различными христианскими конфессиями за обладание святынями Гроба Господня не затихает и в наше время. После смерти патриарха Диодора, в 2001 г. на патриарший престол был избран Ириней Скопелитис (2001–2005 гг.), ранее занимавший пост экзарха ИПЦ в Афинах. Его избрание было встречено настороженно израильским правительством, которое подозревало Иринея в проарабских симпатиях и официально признало его патриархом лишь в 2004 г. Спустя некоторое время патриарх Ириней был обвинён в заключении незаконного соглашения с израильтянами о продаже некоторых земельных участков, принадлежащих ИПЦ, в том числе владений на территории Старого города Иерусалима, где проживали православные арабы. Хотя в январе 2005 г. иорданская правительственная комиссия признала обвинения в его адрес недоказанными, тем не менее, сами подозрения в сговоре патриарха вызвали возмущение большинства арабской паствы ИПЦ, и патриарх Ириней уже не смог вернуть доверие церковного сообщества. 5 мая 2005 г. часть клира и епископата ИПЦ объявила о разрыве отношений с патриархом, а 6 мая в храме Гроба Господня состоялось заседание Священного Синода, на котором 2/3 голосов патриарх Ириней был объявлен низложенным. 24 мая 2005 г. решение Иерусалимского Синода было утверждено Всеправославным собором в Стамбуле. 30 мая Священный Синод ИПЦ избрал митрополита Корнилия Петрского Местоблюстителем патриаршего престола. Ириней не признал низложения и продолжал совершать богослужения как патриарх, рассчитывая на поддержку Правительства Израиля. Ввиду этого Священный Синод ИПЦ 7 июня объявил об извержении Иринея из сана и священства, а 16 июня лишил его также и монашеского чина (последнее решение не было признано другими православными церквами). 22 августа 2005 г. Священный Синод ИПЦ избрал патриархом Феофила III (Илию Яннопулоса), бывшего архиепископа Фаворского (интронизация состоялась 22 ноября 2005 г.). Правительства Иордании и Палестинской автономии признали решения ИПЦ, однако израильское правительство продолжало поддерживать Иринея и официально признало интронизацию патриарха Феофила III лишь 20 декабря 2007 г.