Война нанесла непоправимый ущерб общинам христиан в Палестине. Среди беженцев было более 60 тыс. арабов-христиан. Почти полностью перестали существовать христианские общины Яффы (Тель-Авива), Хайфы, Рамаллаха, Лода (Лидды). В западной (еврейской) части Иерусалима более 50% арабов-христиан потеряли свои дома (около 20 тыс. чел.). В ходе захвата Восточной Галилеи израильтянами были изгнаны жители арабских христианских деревень Эль-Басса, Икрит, Кафр-Бирим, Эн-Наби-Рубин и Тарбиха в приграничных с Ливаном районах; деревни разрушены. С этого времени впервые в истории сложилась ситуация, при которой больше половины паствы ИПЦ проживает не в Палестине и Израиле, а на землях древнего Заиорданья, современной Иордании. В 1949 г. Иерусалим был разделён, и вся территория Старого города, храм Гроба Господня и резиденция патриархов ИПЦ, а также северные, восточные и южные пригороды Иерусалима перешли под контроль Иордании. После смерти патриарха Тимофея греко-арабский конфликт в ИПЦ возобновился. 23 марта 1956 г. в Иерусалиме состоялся четвёртый конгресс православных арабов, который потребовал от Правительства Иордании издать новый Устав для ИПЦ, где были бы зафиксированы право участия смешанного церковного совета с арабским большинством во всех делах церкви, не касающихся напрямую вероучения и богослужения, право Смешанного совета участвовать в выборе кандидатур на патриарший престол, а также введение арабов в состав Святогробского братства. В 1956 г. продолжалось противостояние, в котором Священный Синод ИПЦ неоднократно получал от Правительства Иордании во главе с Сулейманом ан-Набусли разрешение созвать Собор для выборов патриарха, но под давлением арабской паствы эти решения всякий раз отменялись. Наконец, правительство настояло на изменении Устава церкви. 23 декабря 1956 г. был опубликован новый Устав ИПЦ, согласно которому должен был быть сформирован Смешанный церковный совет из шести членов клира и 12 светских представителей, треть доходов патриархата передавалась под контроль паствы, а также избирались два епископа-араба – для общин Восточного Иерусалима и Аммана. 29 января 1957 г. новым патриархом был избран Венедикт (Пападопулос; 1957–1980 гг.). Однако большинство норм Устава 1956 г. не было воплощено в жизнь. В апреле 1957 г., в ходе внутриполитической борьбы в Иордании, правительство ан-Набусли ушло в отставку, а кабинет Самира ар-Рифаи 1 июля 1958 г. издал новый Устав ИПЦ. Состав Смешанного совета был изменён: пять представителей клира и восемь светских при обязательном утверждении всех членов совета патриархом. Бюджет церкви вновь перешёл под исключительный контроль Священного Синода; Святогробское братство осталось закрытым для лиц негреческого происхождения. Были подтверждены права собственности Святогробского братства на святые места в храме Гроба Господня, Вифлееме и др. Новое законодательство оставило в силе прежнее положение в ИПЦ с исключительными прерогативами греческого клира и епископата и отсутствием участия арабской паствы в делах церкви. Вместе с тем новое законодательство устранило неопределённость в положении ИПЦ и позволило Иерусалимской патриархии в последующие десятилетия активизировать деятельность по ряду важных направлений. Патриарх Венедикт существенно расширил международные связи ИПЦ, совершая частые поездки по странам православного мира, участвуя во Всеправославных соборах, посещая Западную Европу. В январе 1964 г. патриарх принял в Иерусалиме прибывшего с визитом папу Римского Павла VI (1963–1978 гг.). Одним из результатов развития отношений с Ватиканом стало возвращение мощей Саввы Освященного в 1965 г. в Иерусалим. В то же время интенсивные контакты с католиками вскоре обернулись усилением пропаганды экуменизма и позиций Римско-католической церкви среди арабов-христиан Палестины. Надежды ИПЦ на обретение нового союзника в лице Римско-католической церкви не оправдались.