Уже в конце 1964 г. патриарх Венедикт выступил с обвинением в адрес католиков в прозелитизме и «измене духу евангельской проповеди». 14 февраля 1969 г. он издал послание к церкви, в котором под угрозой отлучения запретил участие православных в богослужениях и обрядах неправославных церквей. В 1967 г. в результате второй арабо-израильской войны Восточный Иерусалим, Западный берег р. Иордан и район Газы были оккупированы Израилем. Среди 300 тыс. арабских беженцев, покинувших оккупированные земли, многие были христианами. Оставшиеся общины ИПЦ на территории Палестины и патриаршая резиденция в Старом Иерусалиме перешли под контроль Израиля. Для ИПЦ, как и для всех христиан Палестины, ситуация ещё больше осложнилась. Согласно Уставу церкви, право утверждения патриархов на престоле перешло к правительству Израиля; при этом значительную часть арабской паствы церкви осталась на так называемых оккупированных территориях, где население долгое время не обладало определённым статусом. В начале 1980 гг. гражданство Израиля получили лишь жители Восточного Иерусалима и Голанских высот, когда Израиль официально объявил о присоединении этих районов. В конце 1980 гг. началось восстание палестинцев, первая интифада, которая вновь обнажила все многочисленные существовавшие в регионе конфликты. Одним из них стало новое обострение борьбы арабской и греческой партий внутри ИПЦ. В декабре 1992 г. в Аммане состоялся пятый конгресс православных арабов, на котором был образован комитет по арабизации Иерусалимской патриархии. Необходимость полного перехода ИПЦ на арабский язык была провозглашена как единственный путь к сохранению православия в Палестине. Были возобновлены также требования о контроле арабов над собственностью ИПЦ и её финансами. Греческая церковная иерархия была обвинена в недостаточной заботе о просвещении паствы, поскольку с 1960 до начала 1990 гг. из шести церковных школ в Палестине закрылись три. Священный Синод ИПЦ во главе с патриархом Диодором Каривалисом (1981–2000 гг.) отказался рассматривать требования комитета, вновь отстаивая свои исторические права. Тем не менее, в 2000 гг. Священный Синод ИПЦ предпринял важные шаги в поиске компромисса с арабским большинством. В конце 2005 г. патриарх Феофил III Яннопулос (с 2005 г.) совершил архиерейскую хиротонию Феодосия (Аталлы Ханны), выходца из Галилеи, который стал архиепископом Севастийским, первым за последние десятилетия членом Священного Синода негреческого происхождения. Контакты между ИПЦ и Русской православной церковью на территории Советской России после 1917 г. были прерваны почти на три десятилетия. Однако в этот период многочисленные владения РДМ в различных районах Палестины перешли в ведение Русской православной церкви заграницей, которая провозгласила себя и была признана правопреемницей русских церковных организаций дореволюционного периода, действовавших в Палестине. В 1927 г., в один из тяжелейших периодов истории ИПЦ, патриарх Дамиан в письме Местоблюстителю патриаршего престола РПЦ митрополиту Сергию (Страгородскому) выразил поддержку стремлению Московского патриархата преодолеть внутренние расколы. В 1940 гг. с восстановлением легального статуса РПЦ в России началась работа и по возрождению её связей с православием в Палестине. В мае 1945 г. патриарх Алексий I (1945–1970 гг.) посетил Иерусалим и святые места, был дружественно принят греческими иерархами. В 1948 г. была возрождена РДМ. После раздела Палестины в 1949 г. все владения миссии, оказавшиеся на территории Израиля, были переданы Московскому патриархату. Русские участки в арабских странах остались под управлением РДМ РПЦЗ.