К середине 1930 гг. в результате массовой иммиграции евреев этническое противостояние в Палестине уже находилось на грани открытой вооружённой борьбы. И еврейские, и арабские политические организации обладали многочисленными военизированными формированиями. В 1936 г. вооружённое антиеврейское восстание арабов охватило значительную часть территории Палестины и переросло в трёхлетнюю партизанскую войну. Английские власти с огромным трудом справлялись с многотысячными арабскими отрядами и были вынуждены неофициально обращаться за помощью к еврейским боевым дружинам, действуя с ними совместно. В такой обстановке британские власти, продолжая просионистскую политику, были заинтересованы в ослаблении любых общественных сил, которые могли быть использованы арабами. Землетрясение в октябре 1937 г. привело к новым повреждениям в храме Гроба Господня; в кафоликоне храма трещины прошли через поддерживающие купол колонны, арки, своды и барабан. На Страстной неделе 1938 г. храм был закрыт для паломников, и это решение властей потрясло все христианские общины Палестины, которые ответили протестами и призывом к отмене указа. Монахам различных конфессий было разрешено провести обычные обряды на собственный страх и риск. Британское правительство выделило средства для установки временных лесов в предотвращение прямой опасности разрушения здания, однако доступ рабочим в храм был открыт лишь в сентябре 1938 г., после существенных уступок английских властей греческой иерархии. В 1938–1939 гг. восстание арабов было подавлено, но оно привело к пересмотру политики англичан. 17 мая 1939 г. была опубликована так называемая Белая книга – декларация британского секретаря по делам колоний Малькольма Макдоналда, которой резко ограничивались квоты на въезд евреев в Палестину, запрещалась продажа евреям земли, а также отменялись планы раздела Палестины. Тем самым делались серьёзные уступки арабскому большинству. 27 сентября 1939 г. Иерусалимский патриарх Тимофей был официально признан англичанами с оговоркой о необходимости в будущем изменения Устава ИПЦ и допуска арабов к выборам. Признание патриарха Тимофея исследователями рассматривается как попытка восстановить доверие между Священным Синодом ИПЦ и властями протектората. Тем не менее, нормализация юридического положения ИПЦ по объективным причинам не привела к росту значения церкви в общественной жизни страны. В 1940 гг. распался и союз между властями английского протектората и лидерами еврейского переселенческого движения. В годы Второй мировой войны англичане при поддержке союзников по коалиции Объединённых наций решились на ликвидацию своего протектората в Палестине и создание там двух независимых государств – арабов и евреев. Продолжалась затяжная партизанская война, причём в послевоенные годы еврейские боевые группы помимо противостояния арабам начали террористические атаки и против английских войск и администрации. 14 мая 1948 г. было провозглашено создание государства Израиль, и сразу после этого началась первая арабо-израильская война, в которой против моноэтнического еврейского государства выступили арабы-палестинцы и коалиция Египта, Сирии, Иордании и Ливана (1948–1949 гг.). Поражение этих сил обернулось катастрофой для арабского населения Палестины и во многом предопределило всю этноконфессиональную ситуацию в регионе до настоящего времени. Сотни арабов погибли; более 900 тыс. были вынуждены оставить свои дома на территориях, оказавшихся под контролем израильтян. Часть территории Палестины – Западный берег р. Иордан и район Газы (сектор Газа) – перешла под управление соответственно Иордании и Египта. Здесь сосредоточились в лагерях более 500 тыс. арабских беженцев.