В двух специально оборудованных комнатах действовали бесплатные амбулатория и аптека. Городские врачи дежурили в амбулатории безвозмездно. Амбулаторию ежегодно посещало более 2,5 тыс. человек. Здесь же проводили вакцинацию, в том числе от оспы. Существовала специальная лечебница для женщин, исследователи полагают, что она была подразделением амбулатории. При Доме трудолюбия были организованы платная публичная библиотека для взрослых (первая общедоступная библиотека в Кронштадте), детская библиотека, бесплатная народная читальня, которую посещали до 9 тыс. человек в год. По воскресным и праздничным дням проводились дневные и вечерние народные чтения-лекции (дневные были посвящены изучению и толкованию соответствующего дневного евангельского чтения, вечерние проходили иногда с духовным пением). Работала книжная лавка для детей и взрослых, была собрана общедоступная зоологическая коллекция. Таким образом, Дом трудолюбия имел пять крупных построек: собственно Дом, ночлежный приют, дом «Попечительства святого апостола Андрея Первозванного о бедных», загородный дом милосердия и каменный четырёхэтажный странноприимный дом (1891 г.). Дом трудолюбия содержался почти исключительно попечением Иоанна Кронштадтского, расходы составляли около 40 тыс. руб. в год. За 20 лет существования Дома он внёс на его нужды больше 700 тыс. руб. В начале XX в. Дом трудолюбия оценивался более чем в 1 млн. руб. В 1895 г. Иоанн Кронштадтский был назначен членом Комитета по устройству Домов трудолюбия в других городах России. По поручению министра внутренних дел барон Отто Оттович Буксгевден посетил несколько городов, изучая потребности и возможности организации в них Домов трудолюбия по образцу кронштадтского. Эти начинания получили поддержку и помощь великой княгини Александры Иосифовны. В 1886 г. был учреждён Дом трудолюбия в Санкт-Петербурге, в 1887 г. – в Пскове, а к 1896 г. их уже было 44: в 1888–1892 гг. было открыто семь (в Смоленске, Тамбове, Киеве, Саратове, Орле, Митаве и Ярославле), в 1893 г. – 11 (в Твери, Вильне, Нижнем Новгороде, два в Варшаве, Гродно, Рязани, Вятке, Слободском, Елабуге и Кукарке), в 1894 г. – 13 (в Москве, Ковно, Херсоне, два в Санкт-Петербурге, Архангельске, Полтаве, Царицыне, Чернигове, Петрокове, Люблине, Воронеже и Самаре) и в 1895 г. – десять Домов трудолюбия (во Владимире, в Симбирске, Калуге, Торжке, Туле, Киеве, Витебске, Санкт-Петербурге, селе Белом и Одессе). За двадцать лет по всей России было создано около сотни Домов трудолюбия. В первые годы существования они были своеобразной биржей труда, предназначенной для помощи в поиске или для предоставления работы лицам, её утратившим. Дети, нетрудоспособные и профессиональные нищие оказывались вне поля их деятельности. Впоследствии они решали более сложную задачу: дать работу не только ищущим, но и избегающим её; главная цель заключалась в перевоспитании «профессиональных» безработных и в создании у них стойкой мотивации к самостоятельной трудовой жизни в дальнейшем. Устройство Дома трудолюбия в Кронштадте не прекратило и частной благотворительности пастыря. Каждое утро так называемый строй или армия нищих (до 1 тыс. человек) дожидались милостыни у его дома. Случалось, что, находясь в толпе, он буквально одной рукой принимал от кого-то конверт с деньгами и, не вскрывая и не пересчитывая, другой рукой передавал кому-нибудь из просящих.