Посетив впервые Андреевский собор, он сразу же узнал явленный во сне храм. Предложение места в Андреевском соборе возникло в связи с тем, что ключарь собора протоиерей Константин Петрович Несвицкий по старости должен был уйти на покой, и, по обычаю того времени, наиболее желанным преемником мог стать человек, женившийся на его старшей дочери Елизавете Константиновне (1829–1909 гг.). Иван Сергиев и Елизавета Несвицкая обвенчались и поселились на втором этаже церковного дома при Андреевском соборе. После венчания Иван Сергиев признался супруге, что дал обет остаться девственником. Сначала, узнав о намерении мужа, Елизавета Константиновна предложила развестись, по некоторым сведениям, обратилась с прошением к Санкт-Петербургскому митрополиту Исидору (Никольскому). Со временем она, по мнению исследователей, перестала противиться стремлению мужа, стала его помощницей, называла его «братом Иваном». Дневниковые записи Иоанна Кронштадтского отражают далеко не безоблачную жизнь с домашними. В доме Сергиевых проживали или гостили многие родственники Елизаветы Константиновны, весьма далёкие от церковной жизни, что приводило к конфликтным ситуациям. 10 декабря 1855 г. в Александро-Невской лавре епископом Винницким Макарием (Булгаковым) Иван Сергиев был рукоположён во диакона, 12 декабря в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга епископом Ревельским Христофором (Эммаусским) – во иерея. В 1852–1855 гг. Андреевский собор перестраивался. Первую после назначения в клир собора литургию Иоанн Кронштадтский служил 17 декабря 1855 г. в уже обновлённом здании. Указом духовной консистории в 1865 г. он был назначен катехизатором; в соборе проводил катехизические беседы, которые впоследствии были опубликованы. С 20 декабря 1876 г. Иоанн Кронштадтский был ключарём, с 1894 г., когда прежний настоятель протоиерей Павел Васильевич Трачевский вышел за штат, – настоятелем Андреевского собора. Вся жизнь и служение священника Ивана Сергиева связаны с Кронштадтом. Несколько раз ему предлагали перевод в столицу. С середины 1890 гг. Иван Сергиев подписывался «Кронштадтский». Священническое служение он сочетал с педагогической деятельностью: в 1857–1862 гг. преподавал Закон Божий в Кронштадтском уездном реальном училище и ланкастерском классе, с 26 сентября 1862 г. – в Кронштадтской классической гимназии. С осени 1889 г. (по другим сведениям, с 1887 г.) отказался от уроков в гимназии, т.к. служение на приходе занимало всё его время, но в уездном училище продолжал преподавать; его педагогический стаж составил 32 года. По отзывам современников, Иоанн Кронштадтский не ставил плохих оценок, выступал «последним поручителем» за отстающих. Впоследствии из-за увеличивавшейся приходской нагрузки отказался и от бесед. С 15 апреля 1864 г. был депутатом по кронштадтскому благочинию. В первой же проповеди в Андреевском соборе 17 декабря 1855 г., названной «Паси овцы Моя», Иоанн Кронштадтский изложил свою «пастырскую программу»: «Сознаю высоты сана и соединённых с ним обязанностей... научить, просветить, исправить, утвердить» паству. Иоанн Кронштадтский горячо призывал прихожан причащаться регулярно, а не только по большим праздникам или раз в год, как было принято. Он верил в преображающую силу причастия и до смерти сохранял благоговейное отношение к литургии.