Обер-прокурор Святейшего Синода Константин Петрович Победоносцев выразил неудовольствие этой публикацией в светской газете и вызвал Иоанна Кронштадтского для объяснения. По преданию, обер-прокурор сказал: «Говорят, что Вы молебны служите, чудеса творите; смотрите, как бы Вы плохо не кончили». На что Иоанн Кронштадтский ответил: «Не извольте беспокоиться, подождите и увидите, каков будет конец». Церковное начальство не раз высказывало недовольство тем, что описание чудес, происходивших по молитвам пастыря, появлялось в светских газетах (например, в «Московских ведомостях» и «Петербургском листке»), в то время как церковная печать подобные материалы не публиковала. К.П. Победоносцев внимательно следил, чтобы известия о чудесах не попадали на страницы печати без разрешения духовного ведомства. Нередко сослуживцы завидовали Иоанну Кронштадтскому, бывали раздражены его поступками. В Дневнике от 26 октября 1872 г. Иоанн Кронштадтский писал о «неосновательных, ложных упрёках», в том числе в подаче милостыни, со стороны клириков, считавших, что он потворствует тунеядцам и мошенникам. Духовенство собора жаловалось на пастыря Санкт-Петербургскому митрополиту Исидору (Никольскому). Отношения Иоанна Кронштадтского и митрополита Исидора (Никольского) были сложными. Однажды митрополит вызвал к себе Иоанна Кронштадтского и сделал замечание по поводу дорогой рясы. Иоанн Кронштадтский молча снял рясу и оставил её в приёмной архиерея. В 1890 г., вспоминая прошлое, Иоанн Кронштадтский с горечью отметил, что за 30 лет митрополит Исидор (Никольский) ни разу не встретил его «по-отечески, добрым словом или взглядом, а всегда унизительно, со строгостию и суровостию» (Государственный архив Российской Федерации). К деятельности Иоанна Кронштадтского первоначально настороженно относились не только представители церковных властей, но и Феофан Затворник. Епископ Феофан счёл необходимым написать Иоанну Кронштадтскому письмо с предупреждением о духовной опасности подвижнической жизни в миру, среди житейских соблазнов, искушений и невзгод. Исследователям неизвестно, когда именно и по какому конкретному поводу было написано письмо святителя, но история имела продолжение. Поскольку Феофан Затворник, находясь в затворе, никого не принимал, Иоанн Кронштадтский послал ему ответное письмо. Исследователям известно также письмо епископа Феофана Затворника некой даме («г-же М.Д.») и её мужу, в котором святитель писал: «Что касается о. Иоанна Кронштадтского, то я уверен, что он воистину муж Божий... Книжки его хороши». В другом письме им же епископ утверждал, что Иоанн Кронштадтский «ради Бога работает, и силою Божиею укрепляем есть».