В детстве Иоанн Кронштадтский отличался слабым здоровьем, часто болел и едва не умер от оспы. С ранних лет любил церковное богослужение, проявлял удивительную любознательность и интерес к тайне природы и всего живого. Мальчик с вниманием относился к немощным и слабым, и односельчане нередко просили его помолиться в случае горя и нужды. С шести лет обучался грамоте: отец купил букварь, и мать начала учить сына читать. Первые годы учёбы (как домашней, так и в Архангельском приходском училище, куда Сергиев поступил в 1838 г.) были, по его воспоминаниям, подлинной мукой: грамота ему не давалась («Я не мог никак усвоить тождество между нашей речью и письмом или книгою, между звуком и буквой»). Но однажды после долгой ночной молитвы в учении наступил резкий перелом. В июле 1839 г. Сергиев был переведён во второй класс, зачислен в ученики второго разряда; до сентября находился в Суре на каникулах. Исследователям известно, что второй класс Иван Сергиев окончил только в июле 1841 г. шестым учеником с «очень хорошими успехами». Исследователи полагают, что он оставался во втором классе на второй год, но мог быть временно отозван домой родителями по болезни или за неимением средств на содержание в училище. Исследователи полагают, что необходимость повторного обучения подвигла мальчика к той горячей молитве, которая многое изменила в его жизни. После окончания училища 30 июля 1845 г. Иван Сергиев был принят в низшее отделение Архангельской духовной семинарии. О его семинарской жизни исследователям известно немного. По ходатайству секретаря семинарского правления Л. Корытова с июля 1845 г. по 5 февраля 1846 г. он исполнял должность писца. Небольшое жалованье (1 руб. 71 коп.) было ощутимым подспорьем и для семинариста, и для почти нищенствовавших родителей. В 1849 г. Иван Сергиев перешёл в высшее отделение семинарии и по рекомендации старшего инспектора архимандрита Илариона (Воскресенского) 9 сентября того же года был назначен «старшим учеником над учениками семинарии», а также старостой архиерейского хора. 6 апреля 1851 г. Иван Сергиев в числе 15 учеников высшего отделения семинарии был посвящён в стихарь епископом Архангельским и Холмогорским Варлаамом (Успенским) в соборе архангельского во имя архангела Михаила монастыря. До конца жизни Иоанн Кронштадтский сохранил благодарное воспоминание об этом храме; в 1893 г., во время его ремонта, он пожертвовал на строительные работы 1905 руб., а в 1894 г., после пожара обители, – ещё 2100 руб.; присутствовал при водружении поновленного креста на главный купол Михаило-Архангельского собора. Согласно записям инспектора семинарии архимандрита Илариона, который ежемесячно составлял списки поведения учеников, Иван Сергиев отличался «добродушием, искренностью, честностью и усердием к делу» (октябрь 1845 г.), «скромностью в поступках, почтительностью и религиозным направлением ума и сердца» (апрель 1851 г.). Размышляя о пройденном жизненном пути, в феврале 1858 г. Иоанн Кронштадтский писал: «Не смею думать, чтобы я был лучше других моих товарищей по семинарии. Не оттого ли, что ещё в молодости, при всех моих слабостях, был некоторый начаток веры, живой и искренней, в моём сердце, что при слабостях юности я глубоко вздыхал и болезновал о них; и ещё более - не оттого ли, что Господь испытал меня некоторым терпением в самой ранней молодости и потом наградил сторицею это терпение?»