Последние 35 лет жизни Иоанн Кронштадтский совершал литургию ежедневно, кроме случаев, когда утро заставало его в пути или во время тяжёлой болезни. Сохранились многочисленные свидетельства современников об особенностях богослужебной практики Иоанна Кронштадтского. Митрополит Евлогий (Георгиевский) отмечал «необычайный характер этого особенного, только ему одному свойственного священнодействия: бесконечно долгую проскомидию с тысячами имён, которые он повторял то совсем тихо, неслышно, то вдруг усиливая голос, почти громко выкрикивая; море голов, теснившихся к алтарю: благоговейные слёзы умиления приступающих к Святой Чаше». Поэт Константин Михайлович Фофанов, молившийся однажды в алтаре во время службы Иоанна Кронштадтского, вспоминал: «И слова выговаривал он резко, отрывисто, точно убеждал, точно приказывал, или, вернее – настаивал на своей просьбе. “Держава моя! Свет мой!”, восклицал он, поднимая руки со слезами в голосе, и вдруг, мерцая драгоценною митрою, падал ниц» (Российский государственный архив литературы искусства). Современники отмечали «религиозное дерзновение», «силу духа и проникновенность, с которой он произносил молитвы». Некоторые воспринимали неординарную манеру служения Иоанна Кронштадтского с недоумением. Так, юрист и общественный деятель Анатолий Фёдорович Кони писал: «Служение его совершенно необычное: он постоянно искажал ритуал молебна, а когда стал читать Евангелие, то голос его принял резкий и повелительный тон, а священные слова стали повторяться с каким-то истерическим выкриком: “Аще брат твой спросит хлеба”, восклицал он, “и дашь ему камень... камень дашь ему! Камень! И спросит рыбы, и дашь ему змею... змею дашь ему! Змею! Дашь ему камень и змею!” и т.д. Такое служение возбуждало не благоговение, но какое-то странное беспокойство». Одной из новаций исследователи называют способ проведения Иоанном Кронштадтским общей исповеди – исключительный в церковной практике того времени способ совершения таинства покаяния. В первые годы служения он придерживался общепринятых правил индивидуального покаяния, но с ростом числа прихожан исповедь требовала всё больше времени. Так, в 1859 г. Иоанн Кронштадтский писал в дневнике: «Я вчера исповедовал с 4 до 11 ч., и хоть немного устал, но легши спать в 12 ч. и вставши в 4 1/2 ч., я чувствовал себя бодрым и здоровым! Как хорошо работать Господу!» В дни Великого поста он исповедовал иногда с 14 ч. до 2 ч. ночи, прерываясь на полчаса около 23 ч., чтобы подышать свежим воздухом. К концу 1890 гг. количество исповедующихся возросло настолько, что приходилось исповедовать до утра, а затем служить литургию. Во время Великого поста насчитывалось до 5–6 тыс. исповедников, так что огромный собор едва вмещал прихожан. Когда количество богомольцев превышало 8 тыс. человек, часть из них была вынуждена уйти: приготовить так много Святых Даров было просто невозможно. В такие дни на жертвеннике и престоле Андреевского собора стояло до 12 дискосов с 12 большими Агнцами, причастие мирян продолжалось несколько часов. Иоанн Кронштадтский решил перейти к общей исповеди и в виде исключения получил разрешение Святейшего Синода.