Если же не имела места такого рода позднейшая интерполяция, то, по мнению исследователей, можно лишь утверждать, что Исидор Пелусиот избегал теопасхитских выражений и старался подчеркнуть учение о бесстрастии божественной природы. Какой из этих вариантов соответствует действительности, исследователи только предполагают. Скорее всего, по мнению исследователей, христология Исидора Пелусиота была близка к христологии Кирилла Александрийского. На это могут косвенно указывать выражения некоторых других писем, в частности, «Против Нестория», где Дева Мария именуется «Матерью воплотившегося Бога нашего». В письмах, направленных Кириллу Александрийскому и императору Феодосию II в преддверии третьего Вселенского собора, Исидор Пелусиот остаётся осторожным в выражениях; он предостерегает Кирилла Александрийского от каких-либо уступок в вопросах вероучения. В письме, адресованном Ермогену, епископу Ринокоруры, Исидор Пелусиот настаивал на единстве Христа: «Бог, вочеловечившись, не изменился, не слился и не разделился, но и до воплощения и по воплощении есть единый Безначальный и Присносущный Сын. Так Его исповедуем, и так Ему поклоняемся». Он обличил некоего еретика Констанция за то, что тот учит «какому-то слиянию, и срастворению, и превращению Бога Слова в плоть, или Божье естество изменяя в плоть и кости, или отрицая действительность плоти»: исследуя Писание, нужно учитывать контекст сказанного, потому что «одно относится к Божеству, иное – к вочеловечению, иное же – к вольному страданию». Образы воплощения были прикровенно представлены ещё в Ветхом Завете. Например, обложенный козлиными кожами Иаков, получивший благословение Исаака (Быт. 27), есть образ Спасителя, «безгрешно принявшего на Себя грешное наше естество и умертвившего в Себе его немощи». Мясо пасхального агнца есть прообраз Тела Агнца, «Который неизречённо соединил в Себе огнь Божественной сущности с плотью». В письме «К Феоне» Исидор Пелусиот использовал новую формулу, предвосхищающую определение четвёртого Вселенского собора. Комментируя выражение «Я есмь хлеб жизни» (Ин. 6:35), он писал: «Господь называется Хлебом, Сам Себя именуя сим именем; по разумению, первоначально открывающемуся, – как соделавшийся для всех спасительною пищею, а в смысле таинственном – как вложивший квас в человеческое смешение, очистивший и как бы испекший оное огнём божества Своего и соделавшийся единым с ним Лицом и единою достопоклоняемою Ипостасью». Сравнивая соединение божественного и человеческого во Христе с образом закваски (Мф. 13:33; 1 Кор. 5:6), он сознательно избегал как двусмысленной формулы Кирилла Александрийского «одна природа», так и «два Лица» антиохийского богословия. Скорее всего, как полагают исследователи, эту формулу следует отнести к периоду после третьего Вселенского собора; письмо «К Феоне», как полагают исследователи, было написано около 433 г., когда произошёл так называемый акт единения Кирилла Александрийского с «восточными». За исключением спорного, в письмах Исидора Пелусиота исследователи не находят тех резких выражений, которые были характерны для христологии Кирилла Александрийского периода третьего Вселенского собора и могли восприниматься современниками как теопасхитские. А. Шмид полагает, что наиболее вероятным источником довольно умеренных и простых рассуждений Исидора Пелусиота в учении о Христе являются труды святителей Афанасия Великого и Иоанна Златоуста. Несмотря на то что Кирилл Александрийский почитал Исидора Пелусиота как отца-учителя, какого-либо влияния Исидор Пелусиот на христологию Кирилла Александрийского исследователи не выявили.