Исидоре Пелусиоте был авторитетом в области экзегетики, богословия и аскетики; отрывки из его писем вошли в состав многих флорилегиев, «вопросоответов», нравоучительных сборников и в особенности экзегетических катен. Вместе с тем проследить влияние учения Исидора Пелусиота на уровне идей исследователям весьма сложно, поскольку оно практически лишено специфических, только ему свойственных, черт. Особый интерес к догматическому содержанию писем Исидора Пелусиота прослеживается в VI в. в сочинениях участников христологических споров, как сторонников, так и противников Халкидонского собора, которые использовали письма Исидора Пелусиота Кириллу Александрийскому. Большинство полемистов VI в. (Леонтий Византийский, Ефрем Антиохийский, диакон Рустик, Факунд Гермианский и др.) заимствовали письма Исидора Пелусиота из сборника монастыря акимитов, горячих противников монофизитства. Эти же письма находились в центре внимания в ходе полемики (около 513 – 518 гг.) Севира Антиохийского с Иоанном Кесарийским (Грамматиком). Ридингер при подготовке критического издания «Вопросо-ответов», приписывавшихся некоему Кесарию (VI в.), компиляции выдержек догматического содержания из писаний отцов II–V вв., идентифицировал не меньше 32 случаев использования в этом произведении писем Исидора Пелусиота. Используя письма Исидора Пелусиота, компилятор следовал порядку сборника акимитов. Учёный выдвинул гипотезу о том, что письма Исидора Пелусиота являются литературной фикцией и были составлены неизвестным компилятором «Вопросо-ответов». В 532 г. константинопольский диакон Агапит составил «Увещательные главы», адресованные императору Юстиниану I, которые содержат ряд наставлений, касающихся нравственности, религии, политики и литературы. Текст сопровождается ссылками на Священное Писание, труды св. отцов и древних языческих авторов. Среди святоотеческих цитат многие заимствованы из писем Исидора Пелусиота, которые, по мнению Р. Фроне, не обязательно восходят к сборнику акимитов. Включение писем в «Главы» Агапита исследователи считают одним из первых примеров использования их в качестве дидактического материала, полезного не только содержанием, но и формой (как образец эпистолярного жанра). Поздним примером заимствования из писем Исидора Пелусиота исследователи называют «Сто писем» византийского писателя Димитрия Хрисолора (ум. после 1416 г.), произведение, разделённое на сто глав и адресованное императору Мануилу II Палеологу (1350–1425 гг.). Приводя множество цитат из писем Исидора Пелусиота, Димитрий Хрисолор рисует портрет идеального правителя. По наблюдениям Эвьё, на протяжении веков читателей писем Исидора Пелусиота привлекали различные темы. Так, в рукописях IX–XIII вв. преобладают выдержки богословского и экзегетического характера, в рукописях XIV в. – аскетического характера, в рукописях XVI в. – отрывки, касающиеся литургии, Крещения и Евхаристии.