Арабское завоевание Палестины в 630 гг. не сопровождалось массовым насилием в отношении местных христиан и монахов Иудейской пустыни. Халифы VII–VIII вв. проводили веротерпимую политику, но отрыв Ближнего Востока от византийского мира вызвал долговременные негативные последствия. Сократились паломничество на Святую землю и материальная поддержка монастырей, а также приток новых монахов. Многие обители пострадали от землетрясений 659 и 749 гг. и были заброшены; число населённых монастырей резко уменьшилось. В источниках VII–XI вв. упоминаются немногим более шести обителей (не считая пещерных келлий отшельников): лавра преподобного Саввы Освященного, Иоанна Предтечи монастырь на Иордане, монастырь Хозива, монастыри преподобных Евфимия Великого, Харитона Исповедника, Феодосия Великого, Герасима Иорданского. В то же время в VII–VIII вв. христианские общины Сирии и Палестины динамично развивались; сохранялись основные черты византийской материальной и духовной культуры. Крупнейшие из монастырей Иудейской пустыни благодаря опоре на местное христианское население продолжали действовать. Среди монахов, упомянутых в источниках этой эпохи, исследователи встречают выходцев из Палестины, Заиорданья, Южной Сирии, в редких случаях уроженцев Египта или Северной Месопотамии, пришельцы из Византии практически не отмечены. Тем не менее, монашество оставалось полиэтничным. Все литературные памятники монастырей до начала IX в. написаны по-гречески, хотя в них постоянно упоминаются монахи сирийского происхождения, некоторые даже не владевшие греческим языком. Считается, что в Палестине сохранялось грузинское монашеское присутствие. В долине Иордана археологами обнаружены фрагменты несторианского монастыря IX в., построенного по месопотамской архитектурной традиции из кирпича-сырца. Общую численность монахов Иудейской пустыни по состоянию на конец VIII в. исследователи приблизительно оценивают в 200–300 человек. В VII – начале IX вв. монашество Иудейской пустыни продолжало активно участвовать в церковно-политической жизни христианского мира. На Латеранском соборе в Риме в 649 г. присутствовала делегация из монастыря преподобного Феодосия, представлявшая палестинских иноков. На Соборе было обнародовано письмо из монастырей Иудейской пустыни с призывом выступить против монофелитства, подписанное пятью игуменами и 32 иноками во главе с архимандритом лавры преподобного Саввы Освященного Иоанном. По рекомендации присутствовавших на Соборе палестинских монахов папа Мартин поставил местоблюстителем ИПЦ епископа Иоанна Филадельфийского, назначив ему в помощь двух епископов и игумена монастыря преподобного Феодосия Георгия. На шестом Вселенском соборе в Константинополе (681 г.) среди представителей ИПЦ был архидиакон из лавры преподобного Саввы Освященного Андрей (впоследствии архиепископ Критский). Вопрос об участии представителей восточных патриархатов в седьмом Вселенском соборе (787 г.) тайно обсуждался византийскими представителями с монашеским сообществом Иудейской пустыни. Не желая навлечь на патриархов подозрения мусульманских властей в связях с Византией и нелояльности, монахи отправили на Собор двух делегатов – Иоанна и Фому, выступивших как местоблюстители Антиохийского и Александрийского престолов.